Trece razones por las que sigue la historia de Clay Jensen, cuando regresa a casa de la escuela para encontrar un paquete misterioso en su cama. Cuando lo abre, encuentra siete cintas de casete. Al insertarlos en el reproductor de casetes de su familia, descubre que fueron grabados por Hannah Baker, una niña con la que fue a la escuela y que recientemente se suicidó. Sus instrucciones son claras: cada persona que recibe un paquete es una de las razones por las que se suicidó, y después de que cada persona haya terminado de escuchar las cintas, debe pasar el paquete a la siguiente persona. Si alguien decide romper la cadena, se lanzará al público un juego de cintas por separado.
La primera cinta está dirigida a Justin Foley, el primer beso de Hannah. Ella se dirige a la primera vez que se besaron después de conocerse en un patio de recreo en su ciudad, y explica que fue agradable y completamente inocente. Sin embargo, también explica que Justin luego se jactó con sus amigos de que habían pasado más cosas en el parque, y Hannah fue llamada puta por el resto de la escuela secundaria. En este punto, Clay detiene las cintas y va a la casa de su amigo Tony, donde toma prestado su Walkman portátil para poder escuchar las cintas mientras sigue las ubicaciones de cada una de las historias de Hannah. Las ubicaciones están designadas en un mapa que deslizó en los casilleros de cada destinatario antes de su muerte.
La segunda cinta está dirigida a Alex Standall, quien compiló una lista durante el primer año de Hannah que declaró que tenía el mejor trasero en la clase de primer año. Hannah explica que el título llevó a un niño a agredirla en la tienda de dulces local, lo que aumentó sus sentimientos de inseguridad después de ser etiquetada como una puta.
La tercera cinta está dirigida a Jessica Davis, quien era una estudiante nueva durante el primer año de Hannah, el año en que Hannah también se mudó a la ciudad. Los dos fueron presentados por su consejero vocacional, quien quería brindarles una red de apoyo mientras se adaptaban a la escuela secundaria. Hannah nunca la consideró a ella ni a Alex Standall (quien también era una estudiante nueva ese año) como sus amigas, a pesar de que pasaban el rato a menudo en una cafetería local. Jessica y Alex salieron y luego rompieron. Después del incidente del mejor culo, Jessica se ofendió de que Alex «eligiera» a Hannah sobre ella, y los dos dejaron de hablar. Jessica continuó sacando a relucir los rumores de que Hannah era una puta.
La cuarta cinta está dirigida a Tyler Down, quien acechó a Hannah fuera de la ventana de su habitación y le tomó fotos. Sin embargo, además de Tyler, la cinta también se dirige a una chica anónima a quien Hannah conocía algo bien, y cuya ayuda solicitó para ayudar a atrapar al mirón. La chica anónima decidió darle un espectáculo a Tyler, primero pidiéndole a Hannah que le diera un masaje en la espalda y luego exclamando sobre los juguetes sexuales inexistentes que “encontró” en el cajón de Hannah. Hannah se sintió violada por Tyler ya que su privacidad había sido violada, pero pasa a dirigirse a la chica anónima a continuación.
La historia de Courtney Crimsen se cuenta en la quinta cinta. Es conocida como una chica dulce y querida, una persona que Hannah explica que se enamoró de ella. Sin embargo, después del evento con Tyler, Hannah comenzó a sentirse ignorada por Courtney, e incluso cuando Courtney la invitó a una fiesta, todavía sospechaba. Courtney la abandonó en la fiesta, y más tarde Hannah se enteró de que Courtney había estado esparciendo mentiras sobre las «sorpresas» que había encontrado en el cajón de Hannah.
La sexta cinta está dirigida a Marcus Cooley, con quien Hannah emparejó en un conjunto de Valentines escolares. Llegó tarde a una cita para tomar un helado que ella organizó y luego abusó de ella en un reservado en el restaurante donde se habían conocido.
La séptima cinta está dirigida a Zach Dempsey. Hannah explica que en su clase de comunicación entre pares, había un juego de bolsas en la parte trasera del salón donde los estudiantes podían dejarse cumplidos entre ellos. Después de su asalto en el restaurante, Zach la consoló. Sin embargo, más tarde descubrió que él había estado sacando notas de su bolso. En este punto, explica Hannah, ya estaba deprimida y esa acción solo empeoró su condición. También explica que escribió una nota anónima a su clase de comunicación entre pares, en la que compartió que se había sentido suicida. Nadie en la clase se tomó la nota en serio, sino que pensó que estaba hecha para llamar la atención.
La octava cinta está dirigida a Ryan Shaver, quien asistió a una clase de poesía con Hannah mientras se hundía aún más en la depresión. Compartieron su poesía entre ellos, incluido un poema que escribió Hannah sobre no poder aceptarse a sí misma. Ryan publicó más tarde de forma anónima el poema en su revista, La Gaceta de objetos perdidos y encontrados, traicionando la confianza de Hannah.
La novena cinta está dirigida a Clay, quien Hannah dice específicamente que no merece estar en la lista. Ella dice que es un chico realmente agradable. Ella explica que estaban en una fiesta juntos, muy cerca del final de su vida, cuando todo estaba fuera de control. Tuvieron una conversación muy larga y aprendieron mucho el uno del otro, y Hannah explica que deseaba haberlo conocido antes. Se besaron y ella se sintió abrumada al recordar lo que había sucedido entre ella y Justin.
La décima cinta está dirigida nuevamente a Justin. Hannah explica que la noche de la fiesta, él permitió que su amigo entrara a una habitación donde estaba acostada una chica borracha e inconsciente y la violó. Hannah no nombra al niño que cometió la violación; ella explica que si ella lo nombraba, se saltaría la ciudad y detendría la cadena de cintas. Sin embargo, ella culpa a Justin, hasta cierto punto, por permitir que el niño entrara a la habitación en primer lugar.
La undécima cinta está dirigida a Jenny Kurtz, quien llevó a Hannah a casa la noche de la fiesta y golpeó una señal de alto. Más tarde, ocurrió un accidente automovilístico en la intersección, debido a que la señal de alto no estaba allí, y un estudiante de último año en la escuela de Hannah murió. El día de su funeral llevó a Hannah a empezar a pensar en su propio funeral.
La duodécima cinta está dirigida a Bryce Walker, quien agredió sexualmente a Hannah en un jacuzzi en la fiesta antes de irse. Es en esta cinta que Hannah comienza a discutir cómo planeaba suicidarse.
La decimotercera cinta está dirigida al Sr. Porter, un profesor de inglés que se desempeñó como consejero vocacional durante un tiempo en la escuela de Hannah. Ella acudió a él con sus sentimientos de depresión y aislamiento, y él no hizo nada para ayudarla.
Mientras se reproducen las cintas, Clay camina hacia cada lugar del que habla Hannah, sintiéndose cada vez más angustiado al hacerlo. Al final de las cintas, se siente cambiado, y la novela termina con él dirigiéndose a una estudiante llamada Skye, a quien ve comportarse como Hannah, potencialmente previniendo otro suicidio.