La vida y la muerte son temas centrales en El laberinto del fauno. Al principio, vemos a una princesa inmortal entrar en el mundo mortal, lo que la lleva a morir como mortal. Ella renace años después como Ofelia, quien solo puede regresar al mundo inmortal una vez que muere en el mortal. Estos eventos son algo contradictorios, pero examinan el tema de la vida y la muerte de una manera fantástica.
El tema de la muerte también se explora a través de los padres de Ofelia. Cuando comienza la película, el padre de Ofelia ya está muerto y Carmen, su madre, está a punto de volver a casarse con Vidal. Carmen está bastante enferma durante el embarazo y finalmente termina muriendo en el parto, dejando a Ofelia a su suerte en la abusiva casa de Vidal.
Ofelia es una joven extremadamente imaginativa, que prefiere pasar su tiempo leyendo cuentos de hadas en lugar de enfrentarse a la pragmática del mundo real. Su inclinación por la fantasía es patologizada por los adultos en su vida, quienes la ven evitando las duras verdades del mundo. Por ejemplo, cuando Carmen encuentra la raíz de mandrágora debajo de su cama, regaña a Ofelia y le dice: «Estás envejeciendo y verás que la vida no es como tus cuentos de hadas. El mundo es un lugar cruel. Y lo aprenderá, incluso si le duele «. En la formulación de la vida de Carmen, la edad adulta es un momento para dejar de lado las tonterías y aceptar las dificultades de la vida sin el engaño de la fantasía.
Por supuesto, como se lo imagina del Toro, Carmen se equivoca. En el mundo de Ofelia, los cuentos de hadas son reales. Si bien debe enfrentar las duras realidades de la edad adulta, siendo asesinada a tiros por Vidal al final, es este acto de violencia adulta lo que la lleva al lugar que le corresponde en el fantástico inframundo del que le contó el fauno.
La vida familiar de Ofelia en la vida real deja mucho que desear. Su padre ha muerto y su madre se vuelve a casar con un fascista malvado y despiadado que abusa de ella. Su madre se ha puesto enferma durante el embarazo y apenas puede defenderse, y mucho menos la joven Ofelia. Por lo tanto, Ofelia debe encontrar lealtades con personas ajenas a su familia, como Mercedes.
Paralela a la trágica vida familiar de Ofelia, está la promesa que le hizo el fauno: que de hecho es la princesa del inframundo, la princesa Moanna. A lo largo de la película, Ofelia completa las tareas del libro mágico del fauno con la esperanza de reunirse con una familia que no puede recordar.
El Capitán Vidal es la encarnación viva de la estructura política fascista de la España franquista. No solo lucha para exterminar a los rebeldes guerrilleros que defienden los ideales republicanos en España, sino que lleva a cabo sus asuntos privados con un control dictatorial y una crueldad a la altura de sus inclinaciones políticas.
La película analiza la lucha entre los rebeldes republicanos y el franquismo durante la Guerra Civil española en un escenario fantástico. En un momento, el doctor Ferreiro le dice a Vidal: «Obedecer así, por obedecer, sin cuestionar, solo gente como tú puede hacer eso», como una forma de criticar sus inclinaciones franquistas. La película se ocupa de examinar las formas en que las personas siguen sin cuestionar las órdenes de los dictadores y sugiere que es más prudente que los individuos desarrollen la autodeterminación y la dirección.
Si bien el género no es un tema explícito en la película, los personajes centrales son mujeres, que luchan por sobrevivir y prosperar en un mundo gobernado por hombres violentos y controladores. Ofelia es la protagonista principal, luchando por escapar del control de Vidal, una figura patriarcal que en un momento dice que valora la vida de su hijo no nacido y heredero más que la vida de su esposa. Si las actitudes patriarcales de Vidal representan el fascismo, la lucha de Ofelia y Mercedes por liberarse de su control representa una revuelta femenina contra el dominio masculino.
Ofelia a menudo se encuentra en situaciones en las que no tiene opciones. Está encerrada, instada a ser más plácida y obediente de lo que su gran imaginación normalmente la llevaría a ser. El fauno del laberinto suele acudir en su ayuda, proporcionándole las herramientas para cambiar su situación, pero también le da el regalo de la autonomía. Cuando ella se queja con él de estar encerrada en su dormitorio, él le entrega una tiza y le pide que cree su propia puerta. Si bien esto se refiere a las propiedades mágicas de la tiza, también es un símbolo de la capacidad de Ofelia para crear sus propias oportunidades de supervivencia y escape. El fauno está animando a Ofelia a ser más creativa en su capacidad de imaginar su propio destino.
El tema de la rebelión se ve más explícitamente en los personajes de los guerrilleros rebeldes que se esconden en el bosque que rodea el campamento de Vidal. Representan a las personas que están dispuestas a luchar y potencialmente morir por sus ideales frente a una clase dominante restrictiva y corrupta.
Además, Ofelia es un personaje rebelde que se rebela contra los límites que el mundo adulto pone a su imaginación y su insistente creencia en la magia. Finalmente, al final de la película, se rebela contra las instrucciones del fauno y se niega a derramar la sangre de su hermanito, sacrificándose a la bala de Vidal. Su propia sangre es adecuada para transportarla de regreso al inframundo, y vemos que el espíritu rebelde de Ofelia la hace morir en el mundo mortal, pero también la entrega al paraíso fantástico que ha estado buscando.