El amor juega un papel crucial en «Harry Potter y la piedra filosofal», así como en todos los libros restantes de la serie. Rowling demuestra el poder del amor desde el comienzo de la narrativa al explicar que la capacidad de Harry para sobrevivir a la maldición asesina de Voldemort es un resultado directo del amor de su madre. Al sacrificar su propia vida para salvar la de su hijo, Lily Potter le dio a Harry una forma mágica de protección que lo protegió de la maldición de Voldemort y casi destruyó al mago oscuro. Como afirma el profesor Dumbledore, Voldemort es incapaz de comprender el amor, particularmente en comparación con la fuerza de su propio poder oscuro, por lo que se sorprendió por completo cuando se trataba del sacrificio de Lily.
La propia capacidad de Harry para amar y ser amado son los rasgos clave que lo distinguen de Voldemort y aseguran que Harry nunca sea seducido por las Artes Oscuras. El amor de Harry por sus padres le inculcó una seria determinación de derrotar a Voldemort y rebelarse contra cualquier cosa asociada con las Artes Oscuras (por lo tanto, la negativa de Harry a ser clasificado en la Casa Slytherin). La capacidad de Harry para amar también le proporciona un sistema de apoyo de amigos que Voldemort nunca podrá esperar igualar.
Uno de los temas más importantes que trata Rowling en el libro es el concepto de elección y libre albedrío. Desde el comienzo del libro, Rowling describe muchas similitudes asombrosas entre Harry y Voldemort: sus varitas gemelas, su conexión con las serpientes, incluso algunos aspectos de su apariencia. En algunos aspectos, Harry parece destinado a seguir los pasos de Voldemort, un destino que se demuestra en la intención inicial del Sombrero Seleccionador de clasificar a Harry en la Casa Slytherin. Sin embargo, Harry se niega a asumir un papel pasivo cuando se trata de su propio futuro, particularmente cuando significa seguir el camino marcado por el mago oscuro que mató a sus padres. Por lo tanto, en lugar de aceptar la decisión del Sombrero Seleccionador, Harry se niega a ser colocado en la Casa Slytherin y es colocado en la Casa Gryffindor.
Como el profesor Dumbledore le explica más tarde a Harry, son las decisiones que toma un individuo las que determinan qué tipo de persona es y por qué se convertirá en ese tipo de persona. Nada está grabado en piedra cuando se trata del futuro de un individuo, pero, como demuestra Harry, cada individuo tiene la oportunidad de cambiar el rumbo de su vida a través de decisiones importantes, así como insignificantes.
En el transcurso de «Harry Potter y la piedra filosofal», Harry, Ron y Hermione rompen muchas reglas escolares al perseguir sus aventuras. Harry, en particular, siempre está dispuesto a romper una regla de Hogwarts si eso significa tomar medidas o hacer algo que él cree que es correcto. Aunque Rowling admite que las reglas impuestas en Hogwarts están destinadas a mantener a los estudiantes seguros, también presenta el desprecio de Harry por estas reglas como una cualidad heroica de su carácter. Es capaz de pensar por sí mismo y, según la situación, tomar decisiones que tengan el potencial de salvar vidas. Además, Harry está perfectamente dispuesto a aceptar las consecuencias de su rebelión, siempre y cuando sea capaz de actuar cuando pueda.
Es importante notar que Harry nunca rompe las reglas simplemente por romperlas: rompe las reglas solo cuando realmente cree que sus acciones son necesarias. Su naturaleza desinteresada y compasiva (que contrasta fuertemente con la de Lord Voldemort) también se destaca en sus razones para romper las reglas. Por ejemplo, una de las primeras reglas que Harry rompe es durante la lección de vuelo con Madam Hooch cuando Harry vuela detrás de Malfoy para recuperar el Remembrall de Neville. Harry no desobedece las órdenes directas de Madame Hooch para lucirse; rompe las reglas para recuperar el regalo que Neville recibió de su abuela.
Uno de los rasgos principales que diferencia a Harry de los personajes más malévolos del libro, como Voldemort y Draco Malfoy, es su humildad. A pesar de su reputación como el niño que vivió y sus habilidades en el Quidditch, Harry mantiene una personalidad modesta a lo largo de la novela. En todo caso, la atención adicional que recibe debido a su origen lo hace sentir incómodo e inseguro; siente que nunca podrá ser lo suficientemente extraordinario como para ser digno de una reputación tan estimada. La humildad de Harry es, en parte, un resultado directo de su infancia descuidada con los Dursley. Debido a que nunca fue tratado como alguien especial, Harry creció con el entendimiento de que el respeto no se da fácilmente y debe lograrse. Cuando Dumbledore dejó a Harry con los Dursley, sabía que Harry sería maltratado. Sin embargo, también se dio cuenta de que, al crecer lejos del mundo mágico que lo pondría en un pedestal, se aseguró de que Harry creciera sin ser mimado por el orgullo y la arrogancia.
La humildad de Harry se vuelve particularmente significativa como tema del libro cuando se enfrenta a Voldemort en las mazmorras de Hogwarts. Ni Voldemort ni el profesor Quirrell pueden recuperar la Piedra Filosofal del Espejo de Erised porque ambos están pensando en formas en que la Piedra se beneficiará a sí mismos. Harry, por otro lado, solo piensa en recuperar la Piedra para salvar a otras personas de la tiranía de Voldemort: con su naturaleza humilde, nunca se le ocurriría usar la Piedra Filosofal para sus propios propósitos egoístas.
A lo largo del libro, Rowling expresa la importancia de la amistad, particularmente cuando se trata de superar desafíos y tareas difíciles. Antes de llegar a Hogwarts, Harry está completamente aislado. No solo no tiene un entorno familiar amoroso, sino que no tiene amigos que le sirvan de sistema de apoyo. Sin embargo, después de convertirse en estudiante de Hogwarts, Harry rápidamente crea un gran grupo de amigos pero, lo que es más importante, una relación cercana con Ron y Hermione. Para la mayoría de los estudiantes de Hogwarts, un grupo fuerte de amigos ayuda con la nostalgia y las clases difíciles. Sin embargo, en el caso de Harry, Rowling establece un paralelo más obvio entre la amistad y los desafíos difíciles de la vida: la única forma en que Harry puede alcanzar el Espejo de Erised en las mazmorras de Hogwarts es con la ayuda de Ron y Hermione. Hermione y Ron abordan desafíos específicos que Harry no habría podido enfrentar por su cuenta, específicamente el desafío de la profesora McGonagall del ajedrez mágico gigante y el desafío de las pociones del profesor Snape. En este caso, la amistad de Harry con Ron y Hermione le salva la vida y le permite evitar que Voldemort encuentre la Piedra Filosofal.
La amistad de Harry con Ron y Hermione también es significativa en la forma en que distingue aún más a Harry de Voldemort. Aunque Voldemort es mucho más poderoso que Harry, prefiere estar aislado e independiente de quienes lo rodean. Incluso el profesor Quirrell, que bebe sangre de unicornio por él, no es más que un sirviente de Voldemort. Debido a que Voldemort carece de la capacidad de formar amistades duraderas, siempre está solo y solo puede confiar en él mismo. Harry, por otro lado, puede confiar en sí mismo sin dejar de recurrir al sistema de apoyo y los excepcionales talentos mágicos de sus amigos cercanos.
Cerca del final del libro, el profesor Dumbledore le dice a Harry: «La muerte no es más que la próxima gran aventura». Rowling no describe la muerte como algo que se deba temer o temer, sino más bien una parte del ciclo natural de la vida que debe aceptarse como parte de la humanidad de un individuo. La muerte también puede verse como algo hermoso. Por ejemplo, al sacrificar su propia vida por Harry, Lily Potter le dio la maravillosa protección de su amor y la oportunidad de una vida libre de la tiranía de Voldemort. Su muerte también le dio a Harry un propósito en su vida y la determinación de evitar que Voldemort dañara a otras personas inocentes.
Aunque ninguno de los personajes principales muere en el transcurso del libro, Rowling aún hace una clara distinción entre el proceso natural de la muerte y los retorcidos intentos de Voldemort de «derrotarlo» y alcanzar la inmortalidad. Después de su fallido intento de matar a Harry, Voldemort pasó los siguientes diez años existiendo solo como «sombra y vapor», ni muerto ni vivo. Voldemort logra una forma retorcida de inmortalidad, pero su negativa a aceptar el orden natural de la vida y la muerte demuestra su naturaleza malvada y lo distingue aún más del Harry de corazón puro.
El tema del poder sirve como otro rasgo distintivo entre Harry y Voldemort. El objetivo principal de Voldemort durante su reinado de terror sobre Gran Bretaña era lograr el poder absoluto tanto en la comunidad mágica como en la muggle. Incluso después de ser casi destruido por su maldición asesina contraproducente, el objetivo de Voldemort sigue siendo alcanzar el poder absoluto, primero robando la Piedra Filosofal y usando el elixir de vida para construir otro cuerpo y segundo, alcanzar el mismo nivel de tiranía que tenía disfrutado antes de su caída. Harry, por otro lado, no tiene ningún interés en alcanzar el poder absoluto. Su naturaleza pura y modesta lo lleva a desear nada más que la compañía de sus padres perdidos, así como un poco menos de atención por parte de quienes lo rodean. De hecho, es porque Harry no desea poder que puede recuperar la Piedra Filosofal del Espejo de Erised: el Profesor Quirrell y Voldemort quieren usar la Piedra para ganar poder.
En el tema del poder, Rowling proporciona al profesor Dumbledore como un contraste para Voldemort. El profesor Dumbledore es un mago altamente calificado y, señala Rowling, es el único mago al que Voldemort realmente le teme. Sin embargo, en lugar de usar su vasto conocimiento mágico para tomar el poder y dominar a quienes lo rodean, Dumbledore es incapaz de ser corrompido por el poder. El único poder que desea es el de moldear a los jóvenes magos y brujas para que utilicen su magia de forma segura y en beneficio de la sociedad.