El tema de construir un legado que resistirá la prueba del tiempo es algo que consume a Hamilton a lo largo de su vida y, por extensión, a la obra. Durante la guerra, Hamilton está dispuesto a morir siempre que sea por una causa que signifique algo para él. La idea de que «la historia tiene los ojos puestos en ti» persigue a muchos de los personajes. Es esta idea la que hace que Hamilton arriesgue su matrimonio al hacer pública su aventura, con la esperanza de poder preservar su legado controlando cómo se cuenta la historia de su deshonra. La sensación de que todo el mundo tiene una historia y un legado es lo que impulsa la vida ética de los personajes y los anima a trabajar por aquello en lo que creen. Este tema se repite una y otra vez en un mantra de Hamilton que se repite con frecuencia: «Estoy no desperdiciar mi tiro «, siendo su tiro su única oportunidad de crear un legado deslumbrante.
El orgullo de Hamilton por su legado contrasta directamente con Washington, quien renuncia a su poder después de dos mandatos para garantizar que los principios democráticos no se sacrifiquen por la gloria personal. Cuando Hamilton muere, Eliza retoma su legado y busca hacer el bien en el país durante los 50 años restantes de su vida para que su esposo y su familia sean recordados con honor. Muchas de las canciones del musical abordan la cuestión de cómo defender el legado de uno, en particular la última canción, llamada «Quién vive, quién muere, quién cuenta tu historia». La cuestión del lugar de uno en la historia es fundamental para el mundo temático de la obra.
La guerra y la revolución dan forma tanto a los personajes como a la trama de Hamilton, ya que es la revolución estadounidense la que le da a Hamilton su fama y éxito en el gobierno estadounidense. Hamilton no solo cree que la guerra ayudará al país a obtener la independencia y demostrar su valía, sino que también lo ayudará a sobresalir en la historia y demostrar su valía. En un momento, dice: «Ojalá hubiera una guerra, entonces podríamos demostrar que valemos más de lo que nadie esperaba». Habiendo tenido que luchar por todo en su vida, Hamilton tiene la actitud de que vale la pena arriesgar su honor para ascender en el mundo. Esto también se aplica al futuro del país. Esta actitud lo distingue del menos decidido Burr, que no lucha por nada a menos que esté seguro de que es ventajoso para él.
El tema del tiempo afecta a cada uno de los personajes de manera diferente. Hamilton teme constantemente que se le acabe el tiempo, y su miedo al paso del tiempo lo lleva a convertirse en un trabajador concienzudo, que trabaja ambiciosamente largas horas para influir positivamente en la fundación del país. Burr tiene el punto de vista contrario, sintiendo que siempre debe tener cuidado y tomarse su tiempo para tener éxito. Laurens desea formar el primer batallón completamente negro, sin embargo, muere en la batalla antes de que pueda ver completado este sueño; de esta manera vemos un ejemplo de alguien a quien el paso del tiempo le niega los sueños. La muerte de Laurens parece afectar directamente la actitud de Hamilton durante el segundo acto, como él dice, «Tengo mucho trabajo por hacer», y desde entonces no puede apartar su mente de formar su legado y completar su trabajo. No es hasta el final del musical que Hamilton se da cuenta del beneficio de hacer las paces con nuestro tiempo limitado en la Tierra, cuando dice (sobre la construcción de un legado): «es plantar semillas en un jardín que nunca puedes ver».
La estructura del duelo se trata de proteger y defender el honor de uno, luchar contra otro hombre para defenderse. De esta manera, el «duelo» es un microcosmos del ambiente político por el que navega Hamilton. En todo momento, debe defender su honor contra las personas que preferirían que tuviera menos poder. De esta forma, el honor es un tema central para los personajes de Hamilton. Cuando Philip desafía a Eacker a un duelo, lo hace para defender el honor de su padre y mantener la reputación de su familia. Entonces, se comporta aún más honorablemente cuando no dispara a Eacker en el duelo. Si bien le cuesta la vida, Philip muere honorablemente, lo que significa que no hizo nada que pudiera interpretarse como turbio o de mala reputación.
Cuando Jefferson y su cohorte buscan ensuciar a Hamilton para arruinar su reputación, Hamilton decide tomar el asunto en sus propias manos publicando el Reynolds Pamphlet, que detalla sus infidelidades matrimoniales. En lugar de permitir que otros le deshonren, Hamilton opta por tomar el control de su situación y asumir la responsabilidad de sus acciones inmorales. Si bien su romance mancilla su honor, su capacidad para ser transparente y honesto al respecto resulta ser una táctica honorable, y puede ganarse el favor de Eliza una vez más.
Al final, Hamilton muere honorablemente, sin disparar a su rival, Aaron Burr. Si bien murió prematuramente, el honor de Hamilton ha contribuido a su legado positivo, mientras que la reputación de Burr es como el asesino de Hamilton, una designación mucho menos honorable.
Si bien gran parte de la trama se centra en los rencores y resentimientos que surgen entre los pesos pesados en el ámbito político, otro tema importante es el del perdón y la reconciliación. Hamilton, a pesar de todos sus desacuerdos con Burr, intenta ser indulgente y hacer un camino para que los dos hombres se lleven bien, pero sus diferencias gradualmente se vuelven demasiado grandes para superarlas. La cuestión del perdón surge de manera más cruda en la relación entre Hamilton y su esposa, Eliza. Después de que Hamilton tiene una aventura y luego la revela públicamente en el Panfleto de Reynolds, Eliza está furiosa con él y quema sus cartas en represalia por su maltrato. En el transcurso de su apasionada balada, «Burn», parece que nunca perdonará a Hamilton. Después de la muerte de su hijo, Hamilton acude a ella para que puedan llorar juntos, suplicando su perdón y prometiéndole su lealtad en el futuro. A raíz de su tragedia compartida, Eliza acepta a Hamilton de nuevo en su vida y se reconcilian.
La tensión principal entre Burr y Hamilton son sus enfoques tremendamente diferentes para actuar. Mientras que Hamilton está ansioso por actuar y no quiere nada más que saltar y ensuciarse las manos, Burr prefiere sentarse y esperar el momento adecuado para actuar. Desde la perspectiva de Hamilton, el enfoque de Burr es menos que honesto y, a menudo, más estratégico que genuino. Mientras que Hamilton puede ser exaltado, temerario y demasiado obstinado, Burr puede ser deshonesto, de voluntad débil y reticente hasta el punto de no ser confiable. La rivalidad entre los dos hombres enfrenta a los dos temperamentos diferentes entre sí de manera más amplia, y una cuestión central del musical es qué táctica es más eficaz y sabia a largo plazo. Los dos hombres se convierten en contrastes el uno para el otro, revelando alternativamente debilidades y fortalezas en la lógica del otro.
Una de las mayores fortalezas de Hamilton, además de su pasión y celo, es su don con el lenguaje. Representado teatralmente por sus habilidades y talentos como rapero, los dones de Hamilton como escritor fueron influyentes para sentar las bases de Estados Unidos. Fue el principal escritor de Los papeles federalistas, que instó a la gente a adoptar un gobierno federal fuerte. Su capacidad para escribir y ser persuasivo a través del texto es uno de los principales atributos de su legado perdurable en el proceso gubernamental estadounidense, y este es un tema importante en el musical.