Durante una época de guerra sin nombre, un avión que transportaba a un grupo de escolares británicos es derribado sobre el Pacífico. El piloto del avión muere, pero muchos de los niños sobreviven al accidente y se encuentran abandonados en una isla deshabitada, donde están solos sin la supervisión de un adulto. Los dos primeros chicos presentados son los principales protagonistas de la historia: Ralph es uno de los chicos mayores, guapo y confiado, mientras que Piggy, como se le llama burlonamente, es un niño asmático regordete con gafas que, sin embargo, posee una aguda inteligencia. Ralph encuentra una caracola y, cuando la sopla, los otros chicos se reúnen. Entre estos chicos se encuentra Jack Merridew, un chico agresivo que marcha al frente de su coro. Ralph, a quien los otros chicos eligen como jefe, lleva a Jack y a otro chico, Simon, en una expedición para explorar la isla. En su expedición, determinan que, de hecho, se encuentran en una isla desierta y deciden que necesitan encontrar comida. Los tres chicos encuentran un cerdo, que Jack se prepara para matar, pero finalmente se resiste antes de que pueda apuñalarlo.
Cuando los chicos regresan de su expedición, Ralph convoca una reunión e intenta establecer reglas de orden para la isla. Jack está de acuerdo con Ralph, porque la existencia de reglas significa la existencia de castigo para aquellos que las rompen, pero Piggy reprende a Jack por su falta de preocupación por los problemas de supervivencia a largo plazo. Ralph propone que enciendan un fuego en la montaña que podría indicar su presencia a cualquier barco que pase. Los niños comienzan a encender el fuego, pero los niños más pequeños pierden interés cuando la tarea les resulta demasiado difícil. Piggy resulta esencial para el proceso: los niños usan sus lentes para encender el fuego. Después de que inician el fuego, Piggy pierde los estribos y critica a los otros niños por no construir refugios primero. Le preocupa que todavía no sepan cuántos chicos hay, y cree que uno de ellos ya está desaparecido.
Mientras Jack intenta cazar cerdos, Ralph organiza la construcción de refugios para los niños. Los niños más pequeños no han ayudado en absoluto, mientras que los niños del coro de Jack, cuyo deber es buscar comida, se han pasado el día nadando. Jack le dice a Ralph que se siente como si lo estuvieran persiguiendo él mismo cuando busca cerdos. Cuando Simon, el único niño que ha ayudado constantemente a Ralph, se va presumiblemente para darse un baño, Ralph y Jack van a buscarlo a la piscina. Pero Simon, en cambio, está caminando solo por la jungla. Encuentra un espacio abierto sereno con arbustos aromáticos y flores.
Los chicos pronto se adaptan a un patrón diario en la isla. El más joven de los niños, conocido generalmente como los «pequeños», pasa la mayor parte del día buscando fruta para comer. Cuando los niños juegan, todavía obedecen cierto sentido de decencia entre ellos, a pesar de la falta de autoridad de los padres. Jack continúa cazando, mientras Piggy, quien es aceptado como un forastero entre los chicos, considera construir un reloj de sol. Un barco pasa por la isla pero no se detiene, quizás porque el fuego se ha apagado. Piggy culpa a Jack por dejar que el fuego se apagara, ya que él y sus cazadores han estado preocupados por matar un cerdo a expensas de su deber, y Jack golpea a Piggy, rompiendo una lente de sus lentes. Jack y los cazadores cantan «Mata al cerdo. Córtale el cuello. Golpéala» en celebración de la muerte, y realizan un baile en el que Maurice finge ser un cerdo y los demás fingen atacarlo.
Ralph se preocupa por el comportamiento de Jack y los cazadores y comienza a apreciar la madurez de Piggy. Convoca una asamblea en la que critica a los chicos por no ayudar con el incendio o la construcción de los albergues. Insiste en que el fuego es lo más importante en la isla, porque es su única oportunidad de rescate, y declara que el único lugar donde deberían tener fuego es en la cima de la montaña. Ralph admite que está asustado, pero dice que no hay una razón legítima para tener miedo. Jack luego les grita a los pequeños por su miedo y por no ayudar con la caza o la construcción de refugios. Proclama que no hay bestias en la isla, como creen algunos de los niños, pero luego un pequeño, Phil, le cuenta que tuvo una pesadilla y cuando se despertó vio algo moviéndose entre los árboles. Simon dice que Phil probablemente vio a Simon, porque estaba caminando por la jungla esa noche. Pero los pequeños empiezan a preocuparse por la bestia, a la que conciben como un fantasma o un calamar. Piggy y Ralph luchan una vez más, y cuando Ralph intenta imponer las reglas del orden, Jack pregunta retóricamente si a alguien le importan las reglas. Ralph, a su vez, insiste en que las reglas son todo lo que tienen. Jack luego decide liderar una expedición para cazar a la bestia, dejando atrás solo a Ralph, Piggy y Simon. Piggy advierte a Ralph que si Jack se convierte en jefe, los niños nunca serán rescatados.
Esa noche, durante una batalla aérea, un piloto se lanza en paracaídas por la isla. El piloto muere, posiblemente por impacto. A la mañana siguiente, mientras los gemelos Sam y Eric están agregando leña al fuego, ven al piloto y lo confunden con la bestia. Bajan la montaña y despiertan a Ralph. Jack pide una cacería, pero Piggy insiste en que deben permanecer juntos, ya que es posible que la bestia no se acerque a ellos. Jack afirma que la caracola ahora es irrelevante. Él le da un golpe a Ralph cuando Ralph acusa a Jack de no querer ser rescatado. Ralph decide unirse a los cazadores en su expedición para encontrar a la bestia, a pesar de su deseo de reavivar el fuego en la montaña. Cuando llegan al otro lado de la isla, Jack expresa su deseo de construir un fuerte cerca del mar.
Los cazadores, mientras buscan a la bestia, encuentran un jabalí que ataca a Jack, pero Jack lo apuñala y huye. Los cazadores entran en un frenesí, entrando en su canto de «matar al cerdo» una vez más. Ralph se da cuenta de que Piggy se queda con los pequeños en el otro lado de la isla, y Simon se ofrece a regresar y decirle a Piggy que los otros chicos no volverán esa noche. Ralph se da cuenta de que Jack lo odia y lo confronta por ese hecho. Jack se burla de Ralph por no querer cazar, alegando que se debe a la cobardía, pero cuando los chicos ven lo que creen que es la bestia, huyen.
Ralph regresa a los refugios para encontrar a Piggy y le dice que vieron a la bestia, pero Piggy permanece escéptico. Ralph rechaza a los cazadores como niños con palos, pero Jack lo acusa de llamar cobardes a sus cazadores. Jack intenta ejercer control sobre los otros chicos, pidiendo la destitución de Ralph como jefe, pero cuando Ralph retiene el apoyo de los otros chicos, Jack se escapa llorando. Piggy sugiere que, si la bestia les impide llegar a la cima de la montaña, deben encender un fuego en la playa y les asegura que sobrevivirán si se comportan con sentido común. Simon se va para sentarse en el espacio abierto que encontró antes. Jack afirma que será el jefe de los cazadores y que irán a la roca del castillo donde planean construir un fuerte y tener un festín. Los cazadores matan a un cerdo y Jack mancha la cara de Maurice con sangre. Luego le cortan la cabeza y la dejan en un madero como ofrenda para la bestia. Jack trae a varios cazadores de regreso a los refugios, donde invita a los otros niños a unirse a su tribu y les ofrece carne y la oportunidad de cazar y divertirse. Todos los chicos, excepto Ralph y Piggy, se unen a Jack.
Mientras tanto, Simon encuentra la cabeza de cerdo que habían dejado los cazadores. Lo llama El Señor de las Moscas por los insectos que pululan a su alrededor. Cree que le habla, le dice lo tonto que es y que los otros chicos piensan que está loco. La cabeza de cerdo afirma que es la bestia y se burla de la idea de que la bestia pueda ser cazada y asesinada. Simon se cae y pierde el conocimiento. Después de que recupera la conciencia y deambula, ve al piloto muerto que los chicos percibieron como la bestia y se da cuenta de lo que realmente es. Se apresura montaña abajo para alertar a los otros chicos sobre lo que ha encontrado.
Ralph y Piggy, que están jugando solos en la laguna, deciden buscar a los otros niños para asegurarse de que no ocurra nada desafortunado mientras fingen ser cazadores. Cuando encuentran a Jack, Ralph y Jack discuten sobre quién será el jefe. Cuando Piggy afirma que puede hablar porque tiene la caracola, Jack le dice que la caracola no cuenta en su lado de la isla. Los chicos entran en pánico cuando Ralph les advierte que se avecina una tormenta. Cuando comienza la tormenta, Simon sale corriendo del bosque, contando sobre el cadáver en la montaña. Bajo la impresión de que él es la bestia, los niños descienden sobre Simon y lo matan.
De vuelta al otro lado de la isla, Ralph y Piggy discuten sobre la muerte de Simon. Ambos participaron en el asesinato, pero intentan justificar su comportamiento como motivado por el miedo y el instinto. Los únicos cuatro niños que no forman parte de la tribu de Jack son Ralph y Piggy y los gemelos, Sam y Eric, que ayudan a atender el fuego. En Castle Rock, Jack gobierna a los chicos con los adornos de un ídolo. Ha mantenido a un niño atado e infunde miedo en los otros niños advirtiéndoles sobre la bestia y los intrusos. Cuando Bill le pregunta a Jack cómo iniciarán un incendio, Jack afirma que les robarán el fuego a los otros chicos. Mientras tanto, Ralph, Piggy y los gemelos trabajan para mantener el fuego encendido, pero descubren que es demasiado difícil de hacer por sí mismos. Regresan a los refugios para dormir. Durante la noche, los cazadores atacan a los cuatro muchachos, quienes los rechazan pero sufren heridas considerables. Piggy se entera del propósito del ataque: vinieron a robarle las gafas.
Después del ataque, los cuatro chicos deciden ir a la roca del castillo para apelar a Jack como gente civilizada. Se arreglan para parecer presentables y se visten con ropa normal de colegial. Cuando llegan a Castle Rock, Ralph convoca a los otros chicos con la caracola. Jack llega de cazar y les dice a Ralph y Piggy que los dejen en paz. Cuando Jack se niega a escuchar las apelaciones de Ralph a la justicia, Ralph llama tontos a los chicos pintados. Jack toma a Sam y Eric como prisioneros y ordena que los aten. Piggy le pregunta a Jack y a sus cazadores si es mejor ser una manada de indios pintados o ser sensato como Ralph, pero Roger lanza una piedra sobre Piggy, lo que hace que caiga de la montaña a la playa. El impacto lo mata y, para deleite de Jack, rompe la caracola. Jack se declara jefe y arroja su lanza a Ralph, que huye.
Ralph se esconde cerca de Castle Rock, donde puede ver a los otros chicos, a quienes ya no reconoce como chicos ingleses civilizados sino como salvajes. Se arrastra hasta la entrada del campamento de Jack, donde Sam y Eric están ahora apostados como guardias, le dan un poco de carne y lo instan a que se vaya. Mientras Ralph se esconde, se da cuenta de que los otros chicos están rodando rocas montaña abajo. Ralph evade a los otros muchachos que lo están buscando, luego se da cuenta de que están prendiendo fuego al bosque para fumarlo, y así destruirá cualquier fruta que quede en la isla.
Ralph corre por su vida y finalmente se derrumba en la playa, donde ha llegado un oficial naval con su barco. Piensa que los chicos solo han estado jugando, y los regaña por no comportarse de una manera más organizada y responsable como es la costumbre británica. Mientras los chicos se preparan para irse de la isla a casa, Ralph llora por la muerte de Piggy y por el fin de la inocencia de los chicos.