Theodore “Theo” Decker y su madre visitan el Museo Metropolitano de Arte de Nueva York para que ella pueda ver la obra maestra el jilguero. Mientras están en el museo, explota una bomba, matando a la madre de Theo y traumatizándolo. Inmediatamente después, Theo conoce a un anciano que se está muriendo a causa de sus heridas; el hombre pone un anillo en la mano de Theo y le dice el nombre de un establecimiento comercial. Theo, cansado del trauma, agarra el jilguero durante el caos del bombardeo y se lo lleva a casa.
Como el padre de Theo está ausente de su vida, Theo se muda con los Barbour, la familia de su compañero de clase Andy. Encuentra el trato del que le habló el moribundo con el anillo; la empresa vende y restaura muebles antiguos. Theo se hace amigo del propietario, Hobie, que era socio del difunto Welty. Hobie cuida a la sobrina de Welty, Pippa, quien también estaba en el museo cuando ocurrió la explosión y ahora sufre traumatismos y lesiones físicas. Theo se enamora de Pippa, pero la envían a vivir con parientes consanguíneos. Se ven cuando Pippa rara vez visita a Hobie en Nueva York.
El padre de Theo reaparece justo cuando los Barbour están listos para adoptar a Theo. Theo se muda a Las Vegas con su padre y la novia de su padre, Xandra. Allí, se hace amigo cercano de Boris, un inmigrante ruso con circunstancias vagamente similares a las de Theo. Durante todo este tiempo, Theo pasó de contrabando, se escondió y codició el jilguero. Para Theo, que no sabe qué hacer con la pintura ni cómo devolverla, la obra de arte se convierte en una piedra de toque para su madre y una fuente de consuelo, así como un enigma siempre presente.
Theo y Boris pasan sus días bebiendo y experimentando con drogas, tratando de adormecerse del abandono y la soledad en sus vidas. Ambos son hijos de alcohólicos y Boris es golpeado con frecuencia por su padre. El padre de Theo tiene una misteriosa fuente de ingresos que, aunque nunca se reveló por completo, parece estar relacionada con el juego. Un hombre misterioso comienza a llegar a la casa de Theo y pregunta por el padre de Theo. Poco después, el padre de Theo exige que Theo llame al abogado de su madre para pedirle que transfiera una gran cantidad de dinero del fondo fiduciario de Theo a la cuenta financiera de Theo en Las Vegas. Sin saber que se ha creado un fondo fiduciario para él, Theo cumple, pero el abogado niega la solicitud de Theo. Poco después, el padre de Theo muere en un accidente automovilístico, que puede haber sido intencional o no.
Al darse cuenta de que está solo en el mundo y temeroso de que lo coloquen en un hogar de acogida, Theo roba el dinero y las drogas de Xandra, se lleva a su perro abandonado y aborda un autobús a Nueva York. Deambula por las calles de la ciudad y finalmente llega a la puerta de Hobie; Hobie lo acepta con gusto. Theo aprende el comercio de antigüedades y termina convirtiéndose en un socio comercial, mientras funciona como drogadicto. Sin el conocimiento de Hobie, Theo crea una estafa comercial para vender antigüedades restauradas como originales valiosos.
La pintura permanece en posesión de Theo, cuidadosamente sellada en capas de material y cinta adhesiva que Theo nunca desenvuelve. Él lee acerca de un grupo de personas que, durante la pelea del atentado con bomba en el museo, robaron obras de arte y ahora han sido arrestadas por tratar de venderlas. Preocupado por él, Hobie y Pippa, Theo alquila un armario y esconde el cuadro allí. Lucius Reeve, una de las víctimas de la estafa comercial de Theo, confronta a Theo con la idea de que Theo es dueño el jilguero y lo está utilizando con fines delictivos. Theo rechaza a Reeve y sus afirmaciones.
Theo descubre que Andy Barbour y su padre se ahogaron mientras navegaban. Conmocionado por estas muertes, Theo se reencuentra con su familia y comienza a salir con Kitsey, la hermana menor de Andy. Eventualmente, Theo y Kitsey se comprometen, aunque él todavía está muy enamorado de Pippa. Descubre que Kitsey también está enamorada de otra persona, pero deciden permanecer juntos en una relación desapasionada.
Theo se encuentra con Boris en la calle. Boris ahora es muy rico por asociarse con una red clandestina de individuos misteriosos. Theo descubre que Boris robó el jilguero de Theo en Las Vegas y lo ha estado usando como garantía para sus tratos criminales desde entonces. Conmocionado, Theo va a la unidad de almacenamiento y desenvuelve la «pintura» solo para descubrir que contiene un libro de texto de la escuela secundaria. Boris está relativamente arrepentido, especialmente porque otra persona ahora tiene la pintura, ya que la usó como garantía. Sin embargo, Boris trama un plan para recuperar la pintura para Theo.
Theo y Boris viajan a Amsterdam para recuperar la pintura. Durante una caótica y frenética serie de eventos que incluyen un tiroteo, Theo dispara y mata a un hombre. Boris recibe un disparo en el hombro, pero los dos logran escapar. Boris le dice a Theo que espere en el hotel de Ámsterdam donde se aloja Theo. Theo se queda allí durante semanas, sobreviviendo con el servicio de habitaciones y la heroína. No tiene pasaporte y, habiendo cometido un asesinato, tiene miedo de salir de su habitación. Decide suicidarse, pero antes de que pueda, Boris reaparece.
Boris le entrega a Theo una gran cantidad de dinero y le dice que es su parte de la recompensa por devolver el cuadro; Boris dispuso que la pintura fuera devuelta a las autoridades. Theo regresa a la ciudad de Nueva York, donde Hobie lo confronta con los detalles de su truco comercial, que Lucius Reeve le ha revelado a Hobie. Theo le cuenta todo a Hobie y deciden volver a comprar las antigüedades falsas para restaurar la reputación y el honor del negocio.
La vida y las relaciones de Theo generalmente se dejan abiertas al final de la novela. Pippa le asegura a Theo que lo ama, pero que nunca tendrá una relación sentimental con él. Kitsey y su familia lo invitan a sus vidas, cuando y como él elija. Y Hobie sigue siendo un compañero cercano cuando Theo comienza a viajar solo por el mundo, encontrando consuelo en no estar en ninguna parte.
