Jude Fawley, un niño de once años, quiere seguir el ejemplo de su maestro, el Sr. Phillotson, quien deja Marygreen por Christminster para obtener un título universitario y ser ordenado. Jude está siendo criado por su tía abuela, a quien ayuda en su panadería. Estudia mucho por su cuenta para prepararse para la mudanza y, para obtener un medio de sustento en la universidad, aprende el oficio de albañil eclesiástico. Conoce, desea y se casa con Arabella Donn, quien lo engaña para que se case, haciéndole creer que la dejó embarazada. No se llevan bien y, finalmente, Arabella se va para ir con su familia a Australia.
Aunque tarde, Jude llega a Christminster, en parte por sus aspiraciones, pero también en parte por la presencia de su prima Sue Bridehead. Él la conoce y se enamora de ella, aunque el hecho de que esté casado lo hace sentir culpable. Sue no le devolverá su amor, y cuando se da cuenta de que Phillotson, con quien ahora está enseñando, está interesado en Sue, Jude se desespera. Esto, más el hecho de que no ha hecho ningún progreso hacia la universidad y se da cuenta de que nunca lo hará, hace que renuncie a esta parte de su sueño y deje Christminster.
En Melchester tiene la intención de seguir estudios teológicos y eventualmente ingresar a la iglesia en un nivel inferior. Sue está allí en una escuela de formación y se supone que se casará con Phillotson cuando termine, pero se salta la escuela cuando la castigan por quedarse despierta toda la noche con Jude. Jude está intrigado por Sue porque sus ideas son diferentes a las de él y ella no corresponderá a los sentimientos que él tiene por ella.
Poco después de que él le dice que está casado, ella anuncia su matrimonio con Phillotson y le pide a Jude que la entregue. Se reencuentra con Arabella, que ha regresado del extranjero, pasa la noche con ella y descubre que está casada en Australia. Cuando vuelve a encontrarse con Sue, ella le dice que tal vez no debería haberse casado, y Jude promete seguir viéndola a pesar de su objetivo de disciplinarse para entrar a la iglesia.
Cuando muere la tía de Jude, Sue va a Marygreen para el funeral y allí le admite que no es feliz y que no puede entregarse a Phillotson. El beso que comparten Jude y Sue cuando ella se va a Shaston le hace pensar que ha llegado al punto en que ya no es apto para ir a la iglesia; por lo tanto, quema sus libros teológicos y no profesa nada.
Sue le pide a Phillotson que la deje vivir separada de él, preferiblemente con Jude, pero él solo le permite vivir separada en la casa hasta que un ejemplo de su disgusto por él lo hace decidir dejarla ir. Sue va con Jude y viajan a Albrickham, pero ella todavía no permite la intimidad. Phillotson es despedido de su trabajo en Shaston cuando Sue nunca regresa, y después de verla más tarde y no poder recuperarla, decide divorciarse de ella para darle total libertad.
Después de vivir juntos durante un año en Albrickham, Jude y Sue aún tienen que consumar su relación y, aunque planean casarse en repetidas ocasiones, nunca lo llevan a cabo. Solo cuando aparece Arabella y parece amenazar su dominio sobre Jude, Sue permite la intimidad. Arabella se casa nuevamente con Cartlett, su esposo australiano, y envía a Jude a ella y al hijo de Jude, Little Father Time.
Cuando la opinión se vuelve en contra de Jude y Sue y él pierde un trabajo debido a su reputación, deciden irse de Albrickham y vivir en muchos lugares donde Jude trabaja donde puede encontrar empleo en cualquier otra cosa que no sea el trabajo eclesiástico, de lo cual decide renunciar. . . Ahora tienen dos hijos y otro en camino. Habiendo visto a Sue en Kennetbridge, Arabella, cuyo esposo ha muerto, revive su interés en Jude, y cuando conoce a Phillotson, que ahora está en Marygreen, le dice que se equivocó al dejar ir a Sue. Jude, que ahora está enfermo y no trabaja con regularidad, quiere volver a Christminster.
Regresan a Christminster, llegan de vacaciones, y Jude está molesto por su regreso a la ciudad que ha significado tanto para él y da un discurso a una multitud callejera en un intento de explicar lo que ha significado su vida. La conversación desesperada de Sue desencadena una reacción en Little Father Time, y él ahorca a los otros dos niños y a él mismo. Y el niño que lleva Sue nació muerto. Jude y Sue llegaron al punto en que sus puntos de vista sobre la vida se invirtieron, Jude se volvió secular y Sue religiosa; y cuando Phillotson le escribe para pedirle a Sue que regrese con él, ella accede, pensando en ello como una penitencia.
Sue regresa a Phillotson en Marygreen y se vuelve a casar con él, aunque todavía lo encuentra repugnante. Arabella acude a Jude y, a través de una intriga persistente, consigue que se case con ella una vez más. Se llevan tan bien como antes y, aunque está enfermo, Jude va a ver a Sue y se declaran su amor. Como penitencia adicional, Sue luego se entrega a Phillotson. Jude se entera de esto, y de vacaciones al año siguiente, mientras Arabella disfruta de las festividades, Jude muere. Solo Arabella y la Sra. Edlin están presentes para proteger su ataúd.
