Resumen del libro
Kino, el protagonista de la novela, es un joven buscador de perlas mexicano-indio casado con Juana; tienen un bebé llamado Coyotito. Sus vidas parecen bastante pacíficas, pero su tranquilidad se ve amenazada cuando un escorpión muerde a Coyotito. Juana le dice a Kino que vaya al pueblo a buscar al médico, pero Kino y sus vecinos le dicen a Juana que el médico nunca vendrá a donde viven, por lo que Juana toma el asunto en sus propias manos y se va con Coyotito al médico. Kino acompaña a Juana y muchos miembros del pueblo los siguen para ver qué sucederá. En la casa del médico, el empleado del médico les dice a Kino y a Juana que el médico no está en casa; de hecho, el médico está en casa, pero no ayudará a Coyotito porque Kino no puede pagarle al médico tanto como el médico quiere, pero también porque el médico tiene prejuicios contra la raza de Kino.
Kino se pone a trabajar buceando en el Golfo en busca de ostras desde su canoa; Juana cuida a Coyotito en la canoa, le aplica algas marrones en el hombro, que está hinchado por la picadura del alacrán. Mientras Kino recolecta ostras en el fondo del océano, ve una ostra más grande de lo normal, la recolecta y regresa a la canoa. Kino no quiere abrir la ostra de inmediato, pero Juana le advierte que abra la ostra; cuando lo hace, encuentra una perla del tamaño de un huevo de gaviota. Juana contempla la inmensa perla; luego va a ver a Coyotito y descubre que el hombro de Coyotito ya no está hinchado. Kino está inmensamente feliz con la perla y Coyotito y grita lo suficientemente fuerte como para atraer la atención de los otros buceadores de ostras, que corren hacia su canoa.
Antes de que Kino llegue a casa con su gran perla, la noticia de su descubrimiento ya ha llegado a su pueblo y a la ciudad. Todos fantasean qué harían con la riqueza que representa la perla, incluido el médico, que antes se negaba a ayudar a Coyotito, pero ahora dice que el bebé es paciente suyo. El sacerdote llega a la cabaña de Kino y Juana y le dice a Kino que debe agradecerle por encontrar la perla. El médico visita a Kino y Juana y los engaña para que le permitan tratar a Coyotito, aunque Kino sabe que Coyotito ya está curado; de hecho, lo que hizo el doctor fue enfermar a Coyotito para que el doctor pudiera curar al bebé y recibir más. Coyotito se enferma y el médico regresa y le da al bebé un medicamento diferente que «cura» al bebé. Cuando el médico solicita el pago de Kino, Kino dice que su plan es vender la perla al día siguiente. El médico se ofrece a quedarse con la perla para Kino, y Kino rechaza la solicitud, pero el médico engaña a Kino para que revele dónde escondió la perla. Esa noche, Kino escucha a alguien en la cabaña, saca su cuchillo y golpea a la figura y le saca sangre, pero un objeto pesado lo golpea en la cabeza. Juana siente que la perla es mala y le ruega a Kino que la devuelva al mar, pero Kino se niega, aún creyendo que la perla les dará una vida mejor que la que tienen.
El día que Kino venda la perla, los demás buzos no bucearán. Kino y Juana inician el viaje hacia los compradores de perlas, seguidos por todo el pueblo. El primer comprador de perlas a quien Kino le ofrece vender la perla le ofrece a Kino una pequeña cantidad de dinero por la perla, diciendo que la perla es demasiado grande y que nadie más la comprará. Envía un mensaje a los demás compradores de perlas de la ciudad para que vayan a su oficina y evalúen la perla. Para cuando los tres nuevos compradores de perlas llegan a la oficina del primero, los tres ya han planeado juntos lo que cada uno le ofrecerá a Kino. Kino, al darse cuenta de que los compradores de perlas están trabajando juntos para obtener la perla al precio más bajo, dice que irá a la capital para vender su perla. El primer comprador de perlas hace su oferta para comprar la perla, pero es demasiado tarde; Kino se va. De vuelta en el pueblo, los vecinos de Kino discuten sobre si Kino debería haber aceptado o no la última oferta del comprador principal.
Esa noche, Kino escucha ruidos fuera de la cabaña y sale para comprobar qué está haciendo el ruido. Juana escucha el ataque de Kino dentro de la cabaña y sale corriendo con un ladrillo para ayudarlo, pero ya es demasiado tarde; Kino está ensangrentado y golpeado, y los atacantes escaparon sin que Kino pudiera identificarlos. Nuevamente, como la noche anterior, Juana le ruega a Kino que arroje la perla al mar, pero Kino nuevamente se niega porque imagina que la perla se vende y el dinero se usa para financiar la educación de Coyotito. Decide vender la perla en la capital.
Más tarde, Juana se levanta en la oscuridad, toma la perla de la cabaña y se va a la playa. Kino la sigue y la alcanza en la playa justo cuando está lista para arrojar la perla al agua. Él la golpea y evita que la perla entre al agua, pero es atacado por algunas figuras que no puede identificar. La perla es arrancada de sus manos, pero logra apuñalar a uno de sus atacantes antes de quedar inconsciente. Juana recupera la conciencia y encuentra a Kino inconsciente, un extraño muerto a su lado. Cuando Kino recupera el conocimiento, Juana le devuelve la perla de donde la encontró detrás de una roca y le dice que deben huir del pueblo porque mató a un hombre. Juana sale a recoger sus pertenencias; Kino va a revisar su canoa y descubre que se ha aplastado un gran agujero en el fondo. Cuando se acercan a su choza, la ven arder en llamas. Tomando a Coyotito, van a la choza del hermano de Kino y pasan el día escondidos allí. El hermano de Kino, Juan Tomás, les hace pensar a los demás aldeanos que Kino y su familia han huido, mientras recolecta provisiones para cuando Kino y Juana se escapen. Kino sigue creyendo que la perla no es algo malo, sino que ofrece un futuro mejor para él y su familia.
Kino, Juana y Coyotito salen de su pueblo y se dirigen hacia Loreto. Kino tiene cuidado de asegurarse de que no dejen rastro, pero sabe que los seguirán debido al gran valor de la perla. Debido a que viajan de noche, a la mañana siguiente se esconden y se acomodan para pasar el día. Juana y Coyotito se duermen, y pronto también Kino. De repente, los ruidos lo despiertan, sale de donde se esconden y ve rastreadores que los siguen. Una vez que los rastreadores pasan el escondite, Kino y su familia se dirigen a las altas montañas. Cuando llegan a la primera elevación de las montañas, Kino intenta convencer a Juana de que se esconda con Coyotito mientras él se lleva los rastreadores, pero ella se niega, por lo que se dirigen a las montañas hasta donde Kino encuentra un arroyo. Allí, Kino esconde a Juana y Coyotito en una pequeña cueva y hace senderos falsos por la ladera de la montaña, con la esperanza de engañar a los rastreadores; luego se esconde en la cueva con su familia.
Los rastreadores llegan en primavera y acampan para pasar la noche. Kino, al darse cuenta de que los rastreadores los descubrirán por la mañana, jura atacar a los rastreadores antes de que lo ataquen a él y a su familia. Mientras se acerca a la hoguera de los rastreadores, uno de los rastreadores que está mirando apunta su arma hacia donde escuchó un grito en la noche y dispara su arma; Kino salta sobre el rastreador y lo mata con su cuchillo. Kino toma el arma del rastreador muerto y le dispara a un segundo rastreador. El tercer rastreador se aleja de Kino, pero Kino también dispara y mata a ese rastreador. Luego se da cuenta de lo tranquila que está la noche. Este silencio es atravesado por los sonidos del llanto de Juana; Coyotito fue asesinado por disparos del observador.
Más tarde ese día, al final de la tarde, Kino y Juana caminan uno al lado del otro hacia la ciudad, con Juana cargando un paquete que contiene al Coyotito muerto. La gente observa en silencio mientras los dos caminan en silencio, como en trance. Kino y Juana llegan a la playa, donde Kino le ofrece a Juana la perla para que la tire al mar. Ella se niega y le dice a Kino que debería ser él. Levanta el brazo y arroja la perla al mar lo más lejos que puede; se hunde en el fondo arenoso entre las plantas acuáticas.
