La historia comienza donde la entrega anterior de la serie, El corredor del laberinto, Parado. Los Habitantes del Claro han escapado del Laberinto y están descansando en cámaras tipo dormitorio en las instalaciones de rescate. El Laberinto fue un horrible conjunto de pruebas organizadas como un experimento humano. Los niños y Teresa no están seguros de lo que sucederá a continuación. Cuando Thomas se despierta, descubre que los Cranks, parecidos a zombis, están atacando las instalaciones. Los chiflados son seres humanos que se han vuelto locos, siendo devorados lentamente por un virus llamado Flare. Thomas encuentra los cadáveres de sus rescatadores colgados en una habitación cercana. Cuando va a buscar a Teresa, encuentra a un niño llamado Aris en su lugar. Aris afirma haber sido el único niño en el Grupo B, al igual que Teresa era la única niña en el Grupo A. El Grupo B ha escapado de su propio Laberinto, pero Aris no sabe cómo llegó a las instalaciones del Grupo A. Se producen una serie de sucesos misteriosos, en los que desaparecen los cadáveres colgados. Los chicos también descubren extraños ‘roles’ dictados por tatuajes en sus cuellos. Thomas y sus amigos se quedan solos durante varios días, durante los cuales lentamente mueren de hambre. Finalmente, un hombre extraño aparece en la instalación, protegido por un campo de fuerza. También ha llegado la comida. El hombre, que trabaja para WICKED, es apodado ‘Hombre Rata’ por los chicos, una referencia a su apariencia. Rat Man les dice a los niños que la Fase 2, las Pruebas de Scorch, están a punto de comenzar para ellos. Después de entregar instrucciones para los próximos días, Rat Man se marcha.
Thomas y los Habitantes del Claro siguen las instrucciones de Rat Man y atraviesan el campo de fuerza, llamado Flat Trans, a la mañana siguiente. Son entregados a un túnel, durante el cual un extraño artilugio mata a varios niños. Los niños emergen a un páramo bañado por el sol y tienen que cubrirse para avanzar hacia el ‘Refugio Seguro’ del que les habló Rat Man. Tienen una cierta cantidad de días para llegar a Safe Haven, donde se les ha dejado una cura. Rat Man había dicho que todos los chicos tienen el virus Flare, por lo que necesitan llegar a Safe Haven. A medida que avanzan hacia el desierto, avanzan hacia una ciudad. Antes de llegar a la ciudad, escuchan gritos de chicas. La desaparecida Teresa aparece de repente en la distancia y lleva a Thomas a una choza cercana. Ella intenta advertirle de algo y también lo besa. Sin embargo, pronto se agacha, dejando a Thomas confundido y molesto.
Antes de que el grupo llegue a la ciudad, una terrible tormenta eléctrica también golpea la tierra yerma, matando a algunos de los Habitantes del Claro. Para escapar de la tormenta, los chicos se refugian en un refugio. Un grupo de Cranks salta y se enfrenta a ellos. Su líder, Jorge, se pelea con Minho. Jorge está a punto de matar a Minho cuando Thomas insiste en hablar con Jorge uno a uno. Durante su charla, Thomas logra convencer a Jorge para que los ayude a llegar a Safe Haven y también reciba la cura para su Flare. Jorge está de acuerdo y dice que solo se llevará a otro miembro de su pandilla, una niña llamada Brenda. Jorge y Brenda llevan a Thomas y sus amigos a un túnel para comer. Otra facción del grupo de Jorge, molesta porque Jorge no los llevó, provoca una explosión en la entrada del túnel. Esto separa a Thomas y Brenda del resto del grupo. Brenda ha sido muy coqueta con Thomas todo el tiempo. Brenda intenta llevar a Thomas a través de los pasajes subterráneos para llegar a Safe Haven, pero son atacados por Cranks muy ‘Gone’ o muy locos. Mientras toman la ruta en la superficie, son secuestrados por un grupo de Cranks medio desaparecidos que poseen un arma. Estos Cranks quieren saber por qué el nombre de Thomas está, extrañamente, pegado en carteles por toda la ciudad. Mientras los Cranks los interrogan, Minho y el resto del grupo separado vienen al rescate. Sin embargo, en la fuga subsiguiente, el Crank que posee el arma dispara a Thomas.
Delirante, Thomas entra y sale de la conciencia. El personal de WICKED lo lleva a un avión ‘Berg’ para curarle el hombro. Después de ser devuelto al suelo con sus amigos, Thomas avanza con el grupo hacia un conjunto de montañas. Safe Haven debería estar al otro lado de las montañas. Sin embargo, aparece Teresa armada. Ella está con el resto de chicas del Grupo B, que también están armadas. Tienen órdenes de WICKED de tomar a Thomas y matarlo en las montañas. Thomas cede y deja que se lo lleven. Teresa golpea a Thomas cuando intenta hablar. Sin embargo, toda la situación es confusa porque ella también le susurra algunas veces, diciendo que todo esto es un acto y que las cosas terminarán pronto. Thomas logra convencer al resto de las chicas de que no lo maten, pero luego Teresa se lo lleva en medio de la noche. Aris también reaparece, aparentemente en cohorte con Teresa. Teresa y Aris llevan a Thomas a una cueva en las montañas y lo hacen sentir completamente traicionado. Teresa finge que en realidad nunca había sido la mejor amiga de Thomas y que, en cambio, ama a Aris. Sintiéndose terrible, Thomas sucumbe a un gas extraño en la cueva. Cuando se despierta, se siente bien. Teresa y Aris le dicen que estuvieron actuando todo el tiempo, solo tratando de hacerlo sentir traicionado. Estos fueron comandos de WICKED. Thomas ya no puede confiar verdaderamente en Teresa.
Todos los grupos convergen en el desierto de abajo, al otro lado de las montañas. Una bandera en la arena denota un supuesto «refugio seguro». Sin embargo, llegan cámaras gigantes de monstruos, y Thomas y sus amigos tienen que luchar contra ellos. Durante este lío, también comienza una tormenta, y también llega un Berg MALVADO. Todo el mundo sube a bordo del avión. Uno de los miembros del personal de MALVADO dice que solo pueden salvar a Jorge o Brenda, que son civiles. Thomas finge elegir a Jorge, pero luego noquea al hombre e insiste en que ambos civiles se quedan. Thomas y sus amigos van a descansar, y luego se llevan a Thomas y lo separan de nuevo. El libro termina con una carta de Ava Paige, la canciller, a sus asociados, diciendo que las deliberaciones están en curso. WICKED está averiguando quién es realmente inmune a la Llamarada y quién no.