Thoreau abre su ensayo con el lema «El mejor gobierno es el que menos gobierna». Su desconfianza en el gobierno proviene de la tendencia de este último a ser «pervertido y abusado» antes de que la gente pueda realmente expresar su voluntad a través de él. Un ejemplo de ello es la guerra de México (1846-1848, que extendió la esclavitud a nuevos territorios estadounidenses), orquestada por una pequeña élite de individuos que han manipulado al gobierno en su beneficio contra la voluntad popular. El gobierno se presta inherentemente a usos opresivos y corruptos, ya que permite a unos pocos hombres imponer su voluntad moral a la mayoría y beneficiarse económicamente de su propia posición de autoridad. Thoreau ve al gobierno como un obstáculo fundamental para la empresa creativa de las personas a las que pretende representar. Cita como un excelente ejemplo la regulación del comercio y su efecto negativo sobre las fuerzas del libre mercado.
Un hombre tiene la obligación de actuar de acuerdo con los dictados de su conciencia, incluso si esta última va en contra de la opinión de la mayoría, el liderazgo que preside o las leyes de la sociedad. En los casos en que el gobierno apoya leyes injustas o inmorales, la noción de servicio de Thoreau al país de uno toma, paradójicamente, la forma de resistencia en su contra. La resistencia es la forma más alta de patriotismo porque demuestra un deseo no de subvertir al gobierno, sino de construir uno mejor a largo plazo. En este sentido, Thoreau no aboga por un rechazo total del gobierno, sino por la resistencia a aquellas características específicas que se consideran injustas o inmorales.
En la tradición estadounidense, los hombres tienen un derecho de revolución reconocido y apreciado, del cual Thoreau deriva el concepto de desobediencia civil. Un hombre se deshonra a sí mismo al asociarse con un gobierno que trata injustamente incluso a algunos de sus ciudadanos, incluso si él no es la víctima directa de su injusticia. Thoreau está en desacuerdo con William Paley, un teólogo y filósofo inglés, quien argumenta que cualquier movimiento de resistencia al gobierno debe equilibrar la enormidad del agravio a reparar y la «probabilidad y el costo» de repararlo. Puede que no sea conveniente resistirse, y los costos personales pueden ser mayores que la injusticia que se debe remediar; sin embargo, Thoreau afirma firmemente la primacía de la conciencia individual sobre el pragmatismo colectivo.
Thoreau vuelve a la cuestión de efectuar cambios a través de medios democráticos. La posición de la mayoría, por legítima que sea en el contexto de una democracia, no equivale a una posición moral. Thoreau cree que el verdadero obstáculo para la reforma reside en aquellos que desaprueban las medidas del gobierno mientras le prestan tácitamente su lealtad práctica. Por lo menos, si no se quiere resistir directamente a un gobierno injusto, un hombre de verdadera convicción debería dejar de prestarle su apoyo indirecto en forma de impuestos. Thoreau reconoce que es realistamente imposible privar al gobierno del dinero de los impuestos para las políticas específicas a las que uno desea oponerse. Sin embargo, el pago completo de sus impuestos equivaldría a expresar una lealtad total al Estado. Thoreau pide a sus conciudadanos que retiren su apoyo al gobierno de Massachusetts y corran el riesgo de ser encarcelados por su resistencia. Obligado a mantener a todos los hombres en prisión o abolir la esclavitud, el Estado agotaría rápidamente sus recursos y elegiría el último curso de acción. Para Thoreau, de estos actos de conciencia fluye «la verdadera hombría e inmortalidad de un hombre».
El dinero es una fuerza generalmente corruptora porque une a los hombres con las instituciones y el gobierno responsable de prácticas y políticas injustas, como la esclavitud de los estadounidenses negros y la búsqueda de la guerra con México. Thoreau ve una relación paradójicamente inversa entre dinero y libertad. El pobre tiene la mayor libertad para resistir porque es el que menos depende del gobierno para su propio bienestar y protección.
Después de negarse a pagar el impuesto de capitación durante seis años, Thoreau es encarcelado por una noche. Mientras está en prisión, Thoreau se da cuenta de que la única ventaja del Estado es «una fuerza física superior». De lo contrario, está completamente desprovisto de autoridad moral o intelectual, e incluso con su fuerza bruta, no puede obligarlo a pensar de cierta manera.
¿Por qué someter a otras personas a la propia norma moral? Thoreau medita extensamente sobre esta cuestión. Aunque ve a sus vecinos como esencialmente bien intencionados y en algunos aspectos no merecen ningún desprecio moral por su aparente indiferencia hacia la injusticia del Estado, Thoreau concluye, no obstante, que tiene una relación humana con sus vecinos y, a través de ellos, con millones de otros hombres. No espera que sus vecinos se ajusten a sus propias creencias, ni se esfuerza por cambiar la naturaleza de los hombres. Por otro lado, se niega a tolerar el statu quo.
A pesar de su postura de desobediencia civil sobre las cuestiones de la esclavitud y la guerra mexicana, Thoreau afirma tener un gran respeto y admiración por los ideales del gobierno estadounidense y sus instituciones. Thoreau llega a afirmar que su primer instinto siempre ha sido la conformidad. Los estadistas, legisladores, políticos, en resumen, cualquier parte de la maquinaria de la burocracia estatal, son incapaces de escudriñar al gobierno que les otorga su autoridad. Thoreau valora sus contribuciones a la sociedad, su pragmatismo y su diplomacia, pero siente que solo alguien fuera del gobierno puede decir la Verdad al respecto.
Las fuentes más puras de la verdad son, en opinión de Thoreau, la Constitución y la Biblia. No es de extrañar que Thoreau tenga en baja estima a toda la clase política, a la que considera incapaz de idear las formas más básicas de legislación. En su último párrafo, Thoreau cierra el círculo para discutir la autoridad y el alcance del gobierno, que se deriva de la «sanción y consentimiento de los gobernados». La democracia no es el último paso en la evolución del gobierno, ya que aún hay más espacio para que el Estado reconozca la libertad y los derechos de la persona. Thoreau concluye con una nota utópica, diciendo que ese Estado es uno que él ha imaginado «pero que aún no ha visto por ningún lado».