Peter Pan se ha acostumbrado a sentarse en el alféizar de la ventana de la casa de la familia Darling en Londres, para poder escuchar a la Sra. Darling contar cuentos para dormir a sus hijos, Wendy, John y Michael. Por lo general, nunca se lo ve, pero una noche, la Sra. Darling lo ve y tiene que hacer una salida rápida. En su prisa, deja atrás su sombra. Peter regresa a la casa para tratar de encontrarlo, pero Wendy lo atrapa y lo ayuda a volver a colocar la sombra. Mientras hablan, Peter se da cuenta de que ella se sabe casi tantos cuentos para dormir de memoria como su madre y la invita a regresar a su casa en Never Land para cuidar de él y de los Niños Perdidos, un grupo de niños huérfanos que son sus compañeros. Wendy acepta ir con la condición de que a sus hermanos también se les permita ir.
El viaje a Never Land es accidentado y la llegada de los Darlings casi desastrosa cuando Wendy casi muere a manos de uno de los Lost Boys que le dispara, pensando que es un pájaro. Peter construye a Wendy una casita donde puede convalecer y, finalmente, comienza a sentirse mejor. Pronto, Peter lleva a los otros niños a la Laguna de las Sirenas, porque se enteraron de que el Capitán Garfio, un malvado pirata, mantiene cautiva a la Princesa Tigre Lily. Liberan a Tiger Lily y superan a la banda de piratas, un acto de valentía por el que la princesa está tan agradecida que se ofrece a vigilar la casa de Peter y protegerlos del ataque de venganza de Hook y sus piratas.
Aunque Wendy disfruta de sus aventuras y también empieza a enamorarse de Peter, también extraña su hogar y decide que debería llevarse a sus hermanos a Londres. Ella también invita a los Niños Perdidos, sugiriendo que los Darlings seguramente los adoptarán. Sin embargo, antes de que puedan comenzar el viaje de regreso, el Capitán Garfio y sus piratas los capturan, sin que Peter lo sepa. Hook también intenta envenenar a Peter introduciendo veneno en su medicina. Cuando Peter despierta, Tinker Bell, su hada compañera, le cuenta sobre el secuestro y ella misma toma la medicina para evitar que beba. Ella casi muere, pero Peter les pide a todos que aplaudan si realmente creen en las hadas, y los aplausos la reviven.
Peter va al barco pirata e imita el tic-tac del cocodrilo que se comió la mano de Garfio. Libera a los Niños Perdidos, pero los piratas los escuchan hacer un ruido y vienen a investigar. Peter los derrota y tiene una batalla épica con Hook. Garfio cae en la boca del cocodrilo y muere.
Cuando llegan a la residencia de Darling, el Sr. y la Sra. Darling están encantados de ver a Wendy, Michael y John, y aceptan felizmente adoptar a los Niños Perdidos. Cuando Peter llega, la Sra. Darling se ofrece a adoptarlo también, pero Peter quiere regresar a Never Land. Le promete a Wendy que cada primavera volverá a verla y ella viajará a Never Land durante una semana para ayudarlo con la limpieza de primavera. Se queda algo triste de que cada año ella envejezca, pero él sigue teniendo la misma edad para siempre.