Ofelia es una joven imaginativa a la que se le dice al principio de la película que es la reencarnación de una princesa mítica muerta hace mucho tiempo, la princesa Moanna. Su creencia en el mundo de fantasía del laberinto es lo que la protege a través de los caprichos de su vida real, específicamente la enfermedad de su madre y su padrastro abusivo y vengativo, Vidal.
Ofelia hace todo lo posible para completar las tareas que el fauno le propone, pero vacila en varios momentos. En todo momento, nunca pierde la convicción de que la magia existe, incluso cuando los adultos en su vida intentan convencerla de que sea más práctica.
El Capitán Vidal es el antagonista de El laberinto del fauno. Fue un líder clave de los republicanos durante la Guerra Civil española y ha mantenido una actitud cruel y sádica hacia el mundo. Su crueldad política —su deseo de matar brutalmente y torturar a los guerrilleros rebeldes— tiene un paralelo con su crueldad en su vida personal. Él es la encarnación viva de la agenda fascista, obligando a todos los que conoce a ceder a su voluntad y control.
Carmen es la madre de Ofelia. Estuvo casada con un sastre hasta que murió. Ahora se vuelve a casar con el Capitán Vidal, pero se ha puesto enfermiza durante el embarazo. Ama mucho a Ofelia, pero no comprende el lado más fantasioso de su hija y quiere convencerla de que se tome la vida más en serio. Su incredulidad en la magia la lleva a su muerte prematura cuando, en contra de la insistencia de Ofelia, arroja la raíz de mandrágora restauradora al fuego.
El Fauno es una criatura ancestral que ha estado esperando dentro del laberinto a que la princesa lo visite nuevamente. Es amable y servicial con Ofelia, diciéndole cómo podría reunirse con el reino del inframundo y proporcionándole la raíz de mandrágora curativa. Sin embargo, cuando Ofelia rompe las reglas, el Fauno se enoja mucho y muestra un lado más duro y severo.
Mercedes es el ama de llaves del Capitán Vidal que también hace las veces de topo para los rebeldes españoles. Es cariñosa y servicial con la joven Ofelia, y hace muchos sacrificios para apoyar la causa rebelde, pero su alineación pública con Vidal le causa dolor. Ella no está conectada en absoluto con el mundo de fantasía de la película, sino que trabaja para ayudar a la causa rebelde.
Pedro es el hermano de Mercedes y líder de una célula rebelde republicana a la que Mercedes trae información y suministros.