Las aventuras de Huckleberry Finn a menudo se considera la obra maestra más grande de Twain. Combinando su humor crudo y material sorprendentemente maduro, Twain desarrolló una novela que atacaba directamente muchas de las tradiciones que el Sur apreciaba en el momento de su publicación. Huckleberry Finn es el personaje principal y, a través de sus ojos, el lector ve y juzga el Sur, sus defectos y sus cualidades redentoras. El compañero de Huck, Jim, un esclavo fugitivo, brinda amistad y protección mientras los dos viajan a lo largo del Mississippi en su balsa.
La novela comienza con Huck contando su historia. Brevemente, describe lo que ha experimentado desde entonces, Las aventuras de Tom Sawyer, que precedió a esta novela. Después de que Huck y Tom descubrieron un tesoro de doce mil dólares, el juez Thatcher invirtió el dinero por ellos. Huck fue adoptado por la viuda Douglas y la señorita Watson, quienes se esforzaron por criarlo adecuadamente. Insatisfecho con su nueva vida y deseando la sencillez que solía conocer, Huck huye. Tom Sawyer lo busca y lo convence de regresar a casa prometiéndole comenzar una banda de ladrones. Todos los chicos de la localidad se unen a la banda de Tom y utilizan una cueva oculta como escondite y lugar de encuentro. Sin embargo, muchos pronto se aburren con sus batallas ficticias y la banda se desmorona.
Poco después, Huck descubre huellas en la nieve y las reconoce como las de su padre violento y abusivo. Huck se da cuenta de que Pap, a quien Huck no ha visto en mucho tiempo, ha regresado para reclamar el dinero que encontró Huck, y rápidamente corre al juez Thatcher para «vender» su parte del dinero por una «consideración» de un dólar. Pap atrapa a Huck después de dejar al juez Thatcher, lo obliga a entregar el dólar y amenaza con golpear a Huck si alguna vez vuelve a la escuela.
Tras el regreso de Pap, el juez Thatcher y la viuda intentan obtener la custodia judicial de Huck, pero un nuevo juez de la ciudad se niega a separar a Huck de su padre. Pap roba a Huck de la casa de la Viuda y lo lleva a una cabaña de troncos. Al principio, Huck disfruta de la vida en la cabaña, pero después de recibir frecuentes palizas, decide escapar. Cuando Pap llega a la ciudad, Huck aprovecha la oportunidad. Se abre camino para salir de la cabaña de troncos, mata a un cerdo, esparce la sangre como si fuera suya, toma una canoa y flota río abajo hasta la isla de Jackson. Una vez allí, instala el campamento y se esconde.
Unos días después de llegar a la isla, Huck se topa con una fogata aún ardiendo. Aunque un poco asustado, Huck decide buscar a su compañero habitante. Al día siguiente, descubre que el esclavo de la señorita Watson, Jim, vive en la isla. Después de escuchar el plan de la Viuda de venderlo a un comerciante de esclavos, Jim se escapó. Jim, junto con el resto de la gente del pueblo, pensó que Huck estaba muerto y se asusta al verlo. Pronto, los dos comparten sus historias de escape y están felices de tener un compañero.
Mientras Huck y Jim viven en la isla, el río crece significativamente. En un momento, una casa entera pasa flotando junto a ellos mientras están cerca de la orilla. Huck y Jim suben a bordo para ver qué pueden salvar y encuentran a un hombre muerto tirado en la esquina de la casa. Jim va a inspeccionar el cuerpo y se da cuenta de que es Pap, el padre de Huck. Jim mantiene esta información en secreto.
Poco después, Huck regresa a la ciudad disfrazado de niña para recopilar algunas noticias. Mientras habla con una mujer, se entera de que tanto Jim como Pap son sospechosos de su asesinato. Luego, la mujer le dice a Huck que cree que Jim se esconde en la isla de Jackson. Al escuchar sus sospechas, Huck regresa inmediatamente con Jim y juntos huyen de la isla para evitar ser descubiertos.
Utilizando una gran balsa, flotan río abajo durante la noche y se esconden a lo largo de la orilla durante el día. En medio de una fuerte tormenta, ven un barco de vapor que se ha estrellado y Huck convence a Jim para que aterrice en el barco. Juntos, suben a bordo y descubren que hay tres ladrones en el naufragio, dos de los cuales están debatiendo si matar al tercero. Huck escucha esta conversación, y él y Jim intentan escapar, solo para descubrir que su balsa se ha deshecho de su amarre improvisado. Se las arreglan para encontrar el esquife de los ladrones y despegan inmediatamente. En poco tiempo, ven el barco de vapor destrozado flotando río abajo, lo suficientemente por debajo de la línea de flotación como para haber ahogado a todos los que estaban a bordo. Posteriormente, recuperan su balsa original y continúan río abajo con la balsa y la canoa.
Mientras Jim y Huck continúan flotando río abajo, se vuelven amigos cercanos. Su objetivo es llegar a El Cairo, donde pueden tomar un barco de vapor por el río Ohio y entrar en los estados libres. Sin embargo, durante una densa niebla, con Huck en la canoa y Jim en la balsa, se separan. Cuando se encuentran por la mañana, pronto queda claro que, en medio de la niebla, pasaron por El Cairo.
Unas noches más tarde, un barco de vapor pasa por encima de la balsa y obliga a Huck y Jim a saltar por la borda. Una vez más, están separados mientras nadan por sus vidas. Huck encuentra la orilla y se ve inmediatamente rodeado de perros. Después de lograr escapar, lo invitan a vivir con una familia llamada Grangerford. En la casa de Grangerford, Huck es tratado bien y descubre que Jim se esconde en un pantano cercano. Todo está en paz hasta que se reaviva una vieja disputa familiar entre los Grangerford y los Shepherdsons. En un día mueren todos los hombres de la familia Grangerford, incluido el nuevo mejor amigo de Huck, Buck. En medio del caos, Huck vuelve corriendo hacia Jim y juntos comienzan río abajo de nuevo.
Más abajo, Huck rescata a dos farsantes conocidos como el Duque y el Rey. Inmediatamente, los dos hombres toman el control de la balsa y comienzan a viajar río abajo, ganando dinero engañando a la gente en los distintos pueblos a lo largo del río. El duque y el rey desarrollan una estafa que llaman Royal Nonesuch, que les hace ganar más de cuatrocientos dólares. La estafa consiste en hacer que todos los hombres de la ciudad asistan a un espectáculo con promesas de gran entretenimiento. En el espectáculo, el Rey desfila desnudo durante unos minutos. Los hombres están demasiado avergonzados para admitir que desperdiciaron su dinero y les dicen a todos los demás que el espectáculo fue fenomenal, lo que hizo que la actuación de la noche siguiente fuera un éxito. En la tercera noche, todos regresan tramando venganza, pero el Duque y el Rey logran escapar con todas sus ganancias mal habidas.
Río abajo, los dos estafadores se enteran de una gran herencia destinada a tres niñas recientemente huérfanas. Para robar el dinero, los hombres se hacen pasar por los tíos británicos de las niñas. Las niñas están tan felices de ver a sus «tíos» que no se dan cuenta de que las están estafando. Mientras tanto, las chicas tratan a Huck tan bien que él promete protegerlas del plan de los estafadores. Huck se cuela en la habitación del Rey y roba la gran bolsa de oro de la herencia. Esconde el oro en el ataúd de Peter Wilks (el padre de las niñas). Mientras tanto, los farsantes pasan su tiempo liquidando la propiedad de la familia Wilks. En un momento, Huck encuentra a Mary Jane Wilks, la mayor de las niñas, y ve que está llorando. Él le confiesa toda la historia. Ella se enfurece, pero acepta salir de la casa por unos días para que Huck pueda escapar.
Justo después de que Mary Jane se va, los verdaderos tíos de Wilks llegan a la ciudad. Sin embargo, debido a que perdieron su equipaje en su viaje, no pueden probar sus identidades. Por lo tanto, el abogado de la ciudad reúne a los cuatro hombres para determinar quién está mintiendo. El rey y el duque fingen tan bien sus papeles que no hay forma de determinar la verdad. Finalmente, uno de los verdaderos tíos dice que su hermano Peter tenía un tatuaje en el pecho y desafía al Rey a identificarlo. Para determinar la verdad, la gente del pueblo decide exhumar el cuerpo. Al cavar la tumba, la gente del pueblo descubre el dinero que Huck escondió en el ataúd. En el caos resultante, Huck corre directamente hacia la balsa y él y Jim se lanzan al río. El Duque y el Rey también escapan y alcanzan para reunirse con la balsa.
Más abajo en el río, el rey y el duque venden a Jim como esclavo, alegando que es un esclavo fugitivo de Nueva Orleans. Huck decide rescatar a Jim y, audazmente, se acerca a la casa donde lo retienen. Afortunadamente, la casa es propiedad nada menos que de la tía Sally de Tom Sawyer. Huck inmediatamente finge ser Tom. Cuando llega el verdadero Tom, finge ser su hermano menor, Sid Sawyer. Juntos, él y Huck idean un plan para ayudar a Jim a escapar de su «prisión», un cobertizo al aire libre. Tom, siempre el alborotador, también le dificulta la vida a Jim al poner serpientes y arañas en su habitación.
Después de una gran cantidad de planificación, los chicos convencen al pueblo de que un grupo de ladrones planea robar a Jim. Esa noche, recogen a Jim y comienzan a huir. Los agricultores locales los siguen, disparando mientras corren tras ellos. Huck, Jim y Tom logran escapar, pero Tom recibe un disparo en la pierna. Huck regresa a la ciudad para buscar a un médico, a quien envía al escondite de Tom y Jim. El médico regresa con Tom en una camilla y Jim encadenado. Jim es tratado mal hasta que el médico describe cómo Jim lo ayudó a cuidar al niño. Cuando Tom se despierta, exige que dejen a Jim en libertad.
En este punto, aparece la tía Polly, que ha viajado todo el camino río abajo. Se dio cuenta de que algo andaba muy mal después de que su hermana le escribiera que tanto Tom como Sid habían llegado. La tía Polly les dice que Jim es de hecho un hombre libre, porque la Viuda había fallecido y lo liberó en su testamento. Huck y Tom le dan a Jim cuarenta dólares por ser un prisionero tan bueno y dejar que lo liberen, cuando en realidad había estado libre durante bastante tiempo.
Después de esta revelación, Jim le dice a Huck que deje de preocuparse por su Papanicolaou y le revela que el hombre muerto en la casa flotante era en realidad el padre de Huck. La tía Sally se ofrece a adoptar a Huck, pero él se niega con el argumento de que ya había probado ese tipo de estilo de vida una vez y no le convenía. Huck concluye la novela diciendo que nunca se habría comprometido a escribir su historia en un libro, si hubiera sabido que tardaría tanto en completarse.