La Perla, que tiene lugar en La Paz, México, comienza con una descripción de la aparentemente idílica vida familiar de Kino, su esposa Juana y su hijo pequeño, Coyotito. Kino observa mientras Coyotito duerme, pero ve un escorpión arrastrarse por la cuerda que sostiene la caja colgante donde yace Coyotito. Kino intenta atrapar al escorpión, pero Coyotito golpea la cuerda y el escorpión cae sobre él. Aunque Kino mata al escorpión, todavía pica a Coyotito. Juana y Kino, acompañados de sus vecinos, van a ver al médico local, quien se niega a atender a Coyotito porque Kino no puede pagar.
Kino y Juana dejan a los médicos y bajan a Coyotito cerca del mar, donde Juana usa una cataplasma de algas en el hombro de Coyotito, que ahora está hinchado. Kino se zambulle en busca de ostras desde su canoa, tratando de encontrar perlas. Encuentra una ostra muy grande que, cuando Kino la abre, produce una inmensa perla. Kino echa la cabeza hacia atrás y aúlla, lo que hace que los otros buscadores de perlas miren hacia arriba y corran hacia la canoa de Kino.
La noticia de que Kino ha encontrado una inmensa perla viaja rápido por La Paz. El médico que se negó a tratar a Coyotito decide visitar a Kino. Los vecinos de Kino comienzan a amargarse por él por su buena suerte, pero ni Kino ni Juana se dan cuenta del sentimiento que han engendrado. Juan Tomás, el hermano de Kino, le pregunta qué hará con su dinero y se imagina casarse con Juana en una iglesia y vestir a Coyotito con una gorra de yate y un traje de marinero. Afirma que enviará a Coyotito a la escuela y se comprará un rifle. El sacerdote local lo visita y le dice a Kino que recuerde dar gracias y orar para recibir orientación. El médico también visita, y aunque Coyotito parece estar sanando, el médico insiste en que Coyotito aún corre peligro y lo trata. Kino le dice al médico que le pagará una vez que venda su perla, y el médico intenta discernir dónde se encuentra la perla (Kino la ha enterrado en la esquina de su cabaña). Esa noche, un ladrón intenta irrumpir en la cabaña de Kino, pero Kino lo ahuyenta. Juana le dice a Kino que la perla los destruirá, pero Kino insiste en que la perla es su única oportunidad y que mañana la venderán.
Los vecinos de Kino se preguntan qué harían si hubieran encontrado la perla y sugieren dársela como regalo al Papa, comprar misas para las almas de su familia y distribuirla entre los pobres de La Paz. Kino va a vender su perla, acompañado de sus vecinos, pero el comerciante de perlas solo ofrece mil pesos cuando Kino cree que se merece cincuenta mil. Aunque otros comerciantes inspeccionan la perla y dan precios similares, Kino rechaza su oferta y decide ir a la capital a venderla allí. Esa noche, Kino es atacado por más ladrones, y Juana le recuerda una vez más a Kino que la perla es malvada. Sin embargo, Kino jura que no lo engañarán, porque es un hombre.
Más tarde esa noche, Juana intenta tomar la perla y arrojarla al océano, pero Kino la encuentra y la golpea por hacerlo. Mientras estaban afuera, un grupo de hombres abordó a Kino y le quitó la perla de la mano. Juana observa desde la distancia y ve a Kino acercarse a ella, cojeando con otro hombre al que Kino le ha degollado. Juana encuentra la perla y deciden que deben irse aunque el asesinato fue en defensa propia. Kino descubre que su canoa ha sido dañada y su casa fue destruida y el exterior incendiado. Kino y Juana se quedan con Juan Tomás y su esposa, Apolonia, donde se esconden para el día siguiente antes de partir hacia la capital esa noche.
Kino y Juana viajan esa noche y descansan durante el día. Cuando Kino cree que lo están siguiendo, los dos se esconden y Kino ve a varios rastreadores de borregos cimarrones que pasan junto a él. Kino y Juana escapan hacia las montañas, donde Juana y Coyotito se esconden en la cueva mientras Kino se quita la ropa para que nadie vea su ropa blanca. Los rastreadores piensan que escuchan algo cuando escuchan a Coyotito llorar, pero deciden que es simplemente un cachorro de coyote. Después de que un rastreador dispara en la dirección de los gritos, Kino ataca a los tres rastreadores, matando a los tres. Kino no puede oír nada más que el grito de la muerte, porque pronto se da cuenta de que Coyotito está muerto por ese primer disparo. Juana y Kino regresan a La Paz. Kino lleva un rifle robado a uno de los rastreadores que mató, mientras que Juana lleva al Coyotito muerto. Los dos se acercan al golfo, y Kino, que ahora ve la imagen de Coyotito con la cabeza volada en la perla, la arroja al océano.