La novela se abre sobre un elenco diverso de personajes del Madrid del siglo XVIII. Ambrosio es un monje famoso; Lorenzo es un joven noble rico; y Antonia es una hermosa joven. Lorenzo y Antonia se conocen mientras escuchan a Ambrosio y se enamoran al instante. La madre de Antonia, Elvira, ha venido a la ciudad en busca de la ayuda de Raymond, el marqués de las Cisternas, uno de los mejores amigos de Lorenzo.
Ambrosio es el monje más virtuoso y estricto de toda la ciudad; cuando descubre que una joven monja llamada Agnes ha quedado embarazada a pesar de sus votos, la entrega sin remordimientos a la cruel Priora. Su falta de simpatía llega a perseguirlo, sin embargo, cuando se revela que un joven monje llamado Rosario es la hermosa Matilda, una mujer que ha venido al monasterio por amor a Ambrosio. El monje lucha con sus deseos, pero finalmente sucumbe a la tentación y rompe sus votos de castidad al tener relaciones sexuales con Matilda.
Lorenzo se sorprende al descubrir que Raymond es el amante de Agnes, la hermana de Lorenzo y una monja. Raymond explica que él y Agnes se enamoraron en el transcurso del dramático viaje de Raymond por Europa, una odisea que involucró a bandidos astutos, tías vengativas y fantasmas aterradores. Los padres de Agnes le prometieron ir a un convento, pero ella y Raymond se reunían todas las noches para declararse su amor. Raymond embarazó a Agnes durante una de estas visitas nocturnas, y ahora jura que la rescatará y la convertirá en su esposa. Lorenzo decide ayudar a su amigo y su hermana, y los dos hombres intentan rescatar a Agnes del convento. Sin embargo, la priora les dice a los hombres que Agnes ha muerto de una misteriosa enfermedad.
Lorenzo visita a Elvira, la madre de Antonia, para pedirle la mano de su hija en matrimonio. Sin embargo, Elvira es una mujer común que se casó con un marqués y sabe que existen numerosos problemas inherentes a las mujeres de baja cuna que se casan con nobles. Aún así, Lorenzo promete ayudar a Elvira y Antonia.
Mientras tanto, Ambrosio ve a Antonia en la iglesia e inmediatamente comienza a desearla. Hace frecuentes visitas a la casa de su familia con el pretexto de ofrecer asesoramiento a la gravemente enferma Elvira, pero en realidad quiere acercarse a Antonia. Un día, Ambrosio molesta a Antonia, pero la vigilante Elvira lo aleja antes de que pueda causar un daño mayor a la niña.
Ambrosio desespera de poder poseer a Antonia. Matilda, sin embargo, ofrece su ayuda, convocando a un demonio que le da a Ambrosio una rama de mirto mágica. El mirto abre las puertas de la casa de Antonia y la hace dormir profundamente. Justo cuando Ambrosio está a punto de violarla, aparece Elvira. En el enfrentamiento que sobreviene, Ambrosio mata a Elvira y huye.
Raymond ha caído en una profunda depresión tras la noticia de la muerte de Agnes. Sin embargo, su fiel sirviente Theodore se disfraza de mendigo y recibe un mensaje de una de las monjas del convento de Santa Clara. El mensaje dice que los hombres deben arrestar a la priora si quieren vengarse de los asesinos de Agnes. Al ver la nota, Lorenzo entra en acción para vengar a su hermana.
Antonia está loca de dolor por su madre. Una noche solitaria, dice haber visto el fantasma de su madre y se desmaya de terror. La casera, Jacintha, corre al monasterio y visita al monje más venerado de Madrid: Ambrosio. Siguiendo el consejo de Matilda, Ambrosio trae consigo una droga que inducirá un sueño tan pesado como la muerte, y se la da a Antonia. Cuando el médico declara muerta a Antonia, Ambrosio lleva su cuerpo a la cripta del monasterio, sabiendo que ella se despertará en unas horas y será toda suya.
En la procesión de Santa Clara, Lorenzo y sus hombres arrestan a la priora. La Madre Santa Úrsula, que dejó la nota para Theodore, explica públicamente cómo la Priora atormentó a Agnes y la envenenó hasta la muerte. La multitud está tan enfurecida que matan a la Priora y saquean el convento de Santa Clara. Lorenzo está protegiendo a un grupo de monjas en la cripta cuando encuentra una escalera secreta. En el fondo está Agnes, confinada durante meses con solo un poco de pan y agua. Lorenzo lleva a su hermana a un lugar seguro.
Mientras tanto, Ambrosio viola a Antonia en la oscura cripta. Llorando, Antonia intenta escapar, pero Ambrosio la sigue y la apuñala hasta la muerte para evitar que se escape. Antonia muere en brazos de Lorenzo.
Raymond y Agnes se reencuentran y se casan. Lorenzo llora a Antonia, pero finalmente se casa con la hermosa Virginia de Villa-Franca. Ambrosio y Matilda son entregados a la Inquisición y acusados de violación, asesinato y hechicería. Ambrosio es torturado para intentar hacerle confesar. A instancias de Matilda, Ambrosio finalmente entrega su alma al diablo para evitar la ejecución. Sin embargo, el diablo revela una serie de hechos impactantes: Elvira era la madre de Ambrosio y Antonia era su hermana, y Matilda era solo un demonio que tomó forma humana. Reprendiendo a Ambrosio por pedir solo la liberación de la prisión en lugar de una larga vida o riqueza, el diablo deja a Ambrosio en manos de águilas que lo destrozan y lo arrojan sobre rocas afiladas. El monje muere en agonía y su cuerpo se lava en un río.