Thomas se despierta en una caja de metal sin recordar quién es. Solo recuerda su nombre. Las puertas se abren en lo alto revelando una comunidad de niños jóvenes que viven en un tipo de granja rodeada de muros muy altos. El lugar se llama Glade. Fuera de Glade, más allá de las paredes, hay un enorme laberinto poblado de monstruos, conocidos como Grievers. Todos los meses se envía un chico nuevo al Claro. Cada semana, los suministros suben por el elevador en el que viaja Thomas.
Thomas se entera de que en el laberinto exterior hay monstruos conocidos como Grievers. Si un Griever te pica, pasarás por un proceso conocido como el Cambio, que es bastante traumático. Thomas se encuentra con el líder de Glade, Alby, y su segundo al mando, Newt. También está Chuck, que se convierte en su amigo. Gally emerge como un rival que sospecha de Thomas. Minho es el líder de los Corredores, los Habitantes del Claro que se adentran en el Laberinto en un intento de trazar un mapa y encontrar una salida.
Al día siguiente de la llegada de Thomas, envían a una chica al Claro, la primera vez que se produce. Su nombre es Teresa. Teresa les dice a todos que todo está por cambiar. Luego sucumbe a un coma. Ella será la última enviada al Claro. Thomas siente una conexión con ella, como si la conociera. Se enamora de ella.
Thomas decide que él también quiere ser corredor. Se siente atraído por el papel, pero todavía tiene que aprender mucho sobre el claro y el laberinto exterior. Poco después de decidir esto, Thomas es atacado por un niño llamado Ben, que ha pasado por el Cambio. Afirma que recuerda a Thomas de antes y sabe quién es realmente. Alby destierra a Ben por intentar asesinar a Thomas.
Mientras explora el laberinto, Alby es picado por un Griever. Minho intenta llevarlo de regreso al Claro antes de que las paredes se cierren, pero no lo lograrán. Thomas los ve y corre hacia el Laberinto para ayudar, rompiendo una regla cardinal. Se encuentra atrapado afuera en el Laberinto con ellos.
El laberinto es más peligroso de noche. Es entonces cuando los monstruos que habitan el Laberinto son más activos. A pesar de ser el Minho más experimentado, entra en pánico cuando los Grievers se acercan y huyen. Thomas se niega a dejar a Alby y se las arregla para salvar su vida y la suya. Los tres sobreviven a la noche en el Laberinto, algo que nadie había hecho antes. Hace de Thomas un héroe en algunos ojos, un sospechoso en otros.
Thomas es juzgado por romper la regla y sentenciado a un día en la cárcel de Glade. Algunas maniobras políticas de Minho le permiten a Thomas convertirse en un aprendiz de Runner tras su liberación. Gally se opone a la presencia de Thomas en el Claro. Acusa a Thomas de ser un espía de los Creadores, los que encarcelaron a los Habitantes del Claro en primer lugar. Minho y Gally llegan a los golpes y Gally huye después de jurar venganza.
Alby también se está recuperando del Cambio. Él también cree haber visto a Thomas antes. Se cree que Thomas jugó algún papel en el diseño o construcción del Laberinto. Thomas también visita a Teresa que todavía está en coma. Ella comienza a comunicarse con él telepáticamente. Esto asusta a Thomas y corre hacia el laberinto para escapar de su voz. Ella le dice que los dos estuvieron involucrados en la implementación del Laberinto. Finalmente regresa al Laberinto.
Después de pasar un día en la cárcel, Thomas comienza su entrenamiento con Minho. Aprende cómo los Corredores mapean el Laberinto, buscando patrones a medida que las paredes se mueven cada noche. No encuentran nada nuevo. Esa noche Teresa le dice a Thomas que ha provocado el final.
Al día siguiente, el sol ha desaparecido del cielo, reemplazado por un cielo gris opaco. Thomas se da cuenta de que Glade es un lugar fabricado. El cielo nunca fue real. Teresa le dice a Thomas que el Laberinto es un código.
Teresa se despierta y ella y Thomas se encuentran por primera vez en una sección boscosa de Glade. Thomas se siente atraído por ella. Parecen compartir una historia. Sin embargo, Alby y Newt sospechan de ella.
Esa noche las puertas del Laberinto no se cierran como suelen hacerlo. Alby y Newt encarcelan a Teresa, para consternación de Thomas. The Homestead, una casa grande en Glade, está tapiada y reforzada mientras los Habitantes del Claro esperan a que los Grievers entren al área por la noche. Gally hace un regreso abrupto antes de lanzarse voluntariamente sobre los Grievers. Les dice a los Habitantes del Claro que matarán a uno de ellos cada noche hasta que estén todos muertos. También se descubre que todos los mapas del Laberinto hechos a lo largo de los años han sido quemados por un pirómano desconocido.
Thomas determina una nueva forma de analizar la información del mapa. Afortunadamente, los mapas quemados eran todos señuelos. Thomas puede mirar los mapas reales con la ayuda de Teresa. Juntos, encuentran una serie de letras escondidas en los mapas, deletreando palabras. Las palabras no tienen relación entre sí. En un acto de desesperación por algunos de sus recuerdos perdidos, Thomas se deja picar por los Grievers.
Después de recuperarse, Thomas explica que él y Teresa se vieron obligados a ayudar a los Creadores a diseñar el Laberinto. Les dice a todos que comparten un vínculo telepático. También sabe que la salida del Laberinto pasa por un acantilado. El acantilado es una ilusión para engañarlos. Es donde los Grievers entran y salen del Laberinto. Si siguen a los Grievers hacia abajo, pueden encontrar la salida introduciendo las palabras clave en una computadora del otro lado.
Pronto, Thomas conduce a los Habitantes al Laberinto y se enfrentan a un pequeño ejército de Grievers. Aproximadamente la mitad de los Habitantes mueren en la pelea, pero Thomas, Teresa y Chuck se abren camino por el agujero y pueden ingresar el código y cerrar el Laberinto. Se abre una puerta cerca.
Los Habitantes restantes, unos veinte, descienden por un tobogán en espiral que los arroja a un enorme búnker subterráneo. Allí se encuentran cara a cara con los Creadores: adultos delgados, pálidos y sin alegría que toman copiosas notas mientras los observan desde detrás de un cristal. Una mujer viene a saludar a los Habitantes del Claro. Ella les dice que lo han hecho bien. Ella tiene un niño con ella. El chico es Gally. Gally saca un cuchillo y se lo lanza a Thomas. Chuck da un paso frente al cuchillo, dando su vida para salvar a Thomas. Thomas está destrozado. Le había prometido a Chuck que encontraría una salida y llevaría a Chuck con su familia. Ataca a Gally, casi matando al niño a golpes.
De repente, un grupo de rescatistas asaltan la habitación y disparan contra la mujer. Sacan a los Habitantes de esta instalación y los llevan afuera bajo una lluvia torrencial donde los espera un gran autobús. Mientras suben a bordo, una mujer con horribles cicatrices agarra a Thomas y le dice que está aquí para salvar a todos de la Llamarada. Como aprenden Thomas y Teresa, el mundo ha sido devastado por erupciones solares sin precedentes y una enfermedad conocida como Llamarada ha amenazado a la humanidad. Thomas se aleja de la mujer y sube al autobús.
Después de dos horas de conducción, el autobús se detiene en un edificio similar a un dormitorio. Dentro de los Gladers encontrarás literas con mantas, baños y comida. Finalmente se sienten seguros. Thomas se queda dormido sintiendo algo de esperanza en el futuro.
Un memorando de Ava Paige a sus asociados revela que todo esto ha sido parte del plan de los Habitantes. Simplemente han pasado a la siguiente etapa de sus juicios. El memo también revela que hay otro grupo de niños que también fueron sometidos a este experimento. El objetivo del experimento es encontrar a esos niños lo suficientemente inteligentes e ingeniosos como para encontrar una manera de derrotar a la Llamarada y salvar a la humanidad.